Case 1:20-cv-01644-RGA Document 1-52 Filed 12/03/20 Page 1 of 5 PageID #: 1300
`Case 1:20-cv-01644-RGA Document 1-52 Filed 12/03/20 Page 1 of 5 PageID #: 1300
`
`EXHIBIT 52
`
`EXHIBIT 52
`
`
`
`
`
`

`

`Case 1:20-cv-01644-RGA Document 1-52 Filed 12/03/20 Page 2 of 5 PageID #: 1301
`Case 1:20-cv-01644-RGA Document 1-52 Filed 12/03/20 Page 2 of ST gelD #: 1301
`(cid:47)(cid:47)(cid:81)(cid:68)(cid:79)(cid:64)(cid:81)(cid:68) (cid:43)(cid:72)(cid:65)(cid:81)(cid:64)(cid:81)(cid:88)(cid:368)(cid:368)(cid:91)(cid:368)(cid:368)(cid:50)(cid:68)(cid:80)(cid:84)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:368)(cid:368)(cid:91)(cid:368)(cid:368)(cid:32)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:88)(cid:89)(cid:68) (cid:35)(cid:64)(cid:83)(cid:64)
`Prepare Library | Sequence | Analyze Data
`I umlna'*
`
`(cid:56)(cid:86)(cid:76)(cid:81)(cid:74) (cid:55)(cid:85)(cid:88)(cid:54)(cid:76)(cid:74)(cid:75)(cid:87)(cid:289) (cid:50)(cid:81)(cid:70)(cid:82)(cid:79)(cid:82)(cid:74)(cid:92) (cid:56)(cid:48)(cid:44) (cid:53)(cid:72)(cid:68)(cid:74)(cid:72)(cid:81)(cid:87)(cid:86) (cid:90)(cid:76)(cid:87)(cid:75)
`Using TruSightT'V' Oncology UMI Reagents with
`(cid:55)(cid:85)(cid:88)(cid:54)(cid:76)(cid:74)(cid:75)(cid:87) (cid:55)(cid:88)(cid:80)(cid:82)(cid:85) (cid:20)(cid:26)(cid:19) (cid:39)(cid:49)(cid:36) (cid:38)(cid:82)(cid:81)(cid:87)(cid:72)(cid:81)(cid:87) (cid:73)(cid:82)(cid:85) (cid:39)(cid:72)(cid:87)(cid:72)(cid:70)(cid:87)(cid:76)(cid:82)(cid:81)
`TruSight Tumor 170 DNA Content for Detection
`(cid:82)(cid:73) (cid:47)(cid:82)(cid:90)(cid:16)(cid:41)(cid:85)(cid:72)(cid:84)(cid:88)(cid:72)(cid:81)(cid:70)(cid:92) (cid:57)(cid:68)(cid:85)(cid:76)(cid:68)(cid:81)(cid:87)(cid:86) (cid:76)(cid:81) (cid:38)(cid:72)(cid:79)(cid:79)(cid:16)(cid:41)(cid:85)(cid:72)(cid:72) (cid:39)(cid:49)(cid:36)
`of Low-Frequency Variants in Cell-Free DNA
`(cid:56)(cid:86)(cid:76)(cid:81)(cid:74) (cid:72)(cid:85)(cid:85)(cid:82)(cid:85) (cid:70)(cid:82)(cid:85)(cid:85)(cid:72)(cid:70)(cid:87)(cid:76)(cid:82)(cid:81) (cid:86)(cid:82)(cid:73)(cid:87)(cid:90)(cid:68)(cid:85)(cid:72) (cid:90)(cid:76)(cid:87)(cid:75) (cid:81)(cid:72)(cid:91)(cid:87)(cid:16)(cid:74)(cid:72)(cid:81)(cid:72)(cid:85)(cid:68)(cid:87)(cid:76)(cid:82)(cid:81) (cid:86)(cid:72)(cid:84)(cid:88)(cid:72)(cid:81)(cid:70)(cid:76)(cid:81)(cid:74) (cid:11)(cid:49)(cid:42)(cid:54)(cid:12) (cid:87)(cid:82) (cid:79)(cid:82)(cid:90)(cid:72)(cid:85) (cid:87)(cid:75)(cid:72) (cid:79)(cid:76)(cid:80)(cid:76)(cid:87) (cid:82)(cid:73)
`Using error correction software with next-generation sequencing (NGS) to lower the limit of
`(cid:71)(cid:72)(cid:87)(cid:72)(cid:70)(cid:87)(cid:76)(cid:82)(cid:81) (cid:73)(cid:82)(cid:85) (cid:85)(cid:68)(cid:85)(cid:72) (cid:89)(cid:68)(cid:85)(cid:76)(cid:68)(cid:81)(cid:87)(cid:86) (cid:76)(cid:81) (cid:70)(cid:72)(cid:79)(cid:79)(cid:16)(cid:73)(cid:85)(cid:72)(cid:72) (cid:39)(cid:49)(cid:36) (cid:11)(cid:70)(cid:73)(cid:39)(cid:49)(cid:36)(cid:12)(cid:17)
`detection for rare variants in cell-free DNA (chNA).
`
`Introduction
`(cid:44)(cid:81)(cid:87)(cid:85)(cid:82)(cid:71)(cid:88)(cid:70)(cid:87)(cid:76)(cid:82)(cid:81)
`Analysis of chNA is increasingly used to obtain information about the
`(cid:32)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:88)(cid:82)(cid:72)(cid:82) (cid:78)(cid:69) (cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:72)(cid:82) (cid:72)(cid:77)(cid:66)(cid:81)(cid:68)(cid:64)(cid:82)(cid:72)(cid:77)(cid:70)(cid:75)(cid:88) (cid:84)(cid:82)(cid:68)(cid:67) (cid:83)(cid:78) (cid:78)(cid:65)(cid:83)(cid:64)(cid:72)(cid:77) (cid:72)(cid:77)(cid:69)(cid:78)(cid:81)(cid:76)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:64)(cid:65)(cid:78)(cid:84)(cid:83) (cid:83)(cid:71)(cid:68)
`genetic state of normal and tumortissues. Combining liquid biopsy
`(cid:70)(cid:68)(cid:77)(cid:68)(cid:83)(cid:72)(cid:66) (cid:82)(cid:83)(cid:64)(cid:83)(cid:68) (cid:78)(cid:69) (cid:77)(cid:78)(cid:81)(cid:76)(cid:64)(cid:75) (cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:83)(cid:84)(cid:76)(cid:78)(cid:81) (cid:83)(cid:72)(cid:82)(cid:82)(cid:84)(cid:68)(cid:82)(cid:13) (cid:34)(cid:78)(cid:76)(cid:65)(cid:72)(cid:77)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:75)(cid:72)(cid:80)(cid:84)(cid:72)(cid:67) (cid:65)(cid:72)(cid:78)(cid:79)(cid:82)(cid:88)
`with NGS technology provides a noninvasive method to analyze
`(cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71) (cid:45)(cid:38)(cid:50) (cid:83)(cid:68)(cid:66)(cid:71)(cid:77)(cid:78)(cid:75)(cid:78)(cid:70)(cid:88) (cid:79)(cid:81)(cid:78)(cid:85)(cid:72)(cid:67)(cid:68)(cid:82) (cid:64) (cid:77)(cid:78)(cid:77)(cid:72)(cid:77)(cid:85)(cid:64)(cid:82)(cid:72)(cid:85)(cid:68) (cid:76)(cid:68)(cid:83)(cid:71)(cid:78)(cid:67) (cid:83)(cid:78) (cid:64)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:88)(cid:89)(cid:68)
`numerous cancer-related genes in a single assay. However, the low
`(cid:77)(cid:84)(cid:76)(cid:68)(cid:81)(cid:78)(cid:84)(cid:82) (cid:66)(cid:64)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:81)(cid:12)(cid:81)(cid:68)(cid:75)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:67) (cid:70)(cid:68)(cid:77)(cid:68)(cid:82) (cid:72)(cid:77) (cid:64) (cid:82)(cid:72)(cid:77)(cid:70)(cid:75)(cid:68) (cid:64)(cid:82)(cid:82)(cid:64)(cid:88)(cid:13) (cid:39)(cid:78)(cid:86)(cid:68)(cid:85)(cid:68)(cid:81)(cid:11) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:75)(cid:78)(cid:86)
`percentage of circulating tumor DNA (ctDNA) within total chNA
`(cid:79)(cid:68)(cid:81)(cid:66)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:64)(cid:70)(cid:68) (cid:78)(cid:69) (cid:66)(cid:72)(cid:81)(cid:66)(cid:84)(cid:75)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:84)(cid:76)(cid:78)(cid:81) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:7)(cid:66)(cid:83)(cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:8) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71)(cid:72)(cid:77) (cid:83)(cid:78)(cid:83)(cid:64)(cid:75) (cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32)
`causes variant allele frequencies to exist nearthe limit of detection
`(cid:66)(cid:64)(cid:84)(cid:82)(cid:68)(cid:82) (cid:85)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:64)(cid:77)(cid:83) (cid:64)(cid:75)(cid:75)(cid:68)(cid:75)(cid:68) (cid:69)(cid:81)(cid:68)(cid:80)(cid:84)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:72)(cid:68)(cid:82) (cid:83)(cid:78) (cid:68)(cid:87)(cid:72)(cid:82)(cid:83) (cid:77)(cid:68)(cid:64)(cid:81) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:75)(cid:72)(cid:76)(cid:72)(cid:83) (cid:78)(cid:69) (cid:67)(cid:68)(cid:83)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)
`(LOD). To address this challenge, lllumina offers the TruSight
`(cid:7)(cid:43)(cid:46)(cid:35)(cid:8)(cid:13) (cid:51)(cid:78) (cid:64)(cid:67)(cid:67)(cid:81)(cid:68)(cid:82)(cid:82) (cid:83)(cid:71)(cid:72)(cid:82) (cid:66)(cid:71)(cid:64)(cid:75)(cid:75)(cid:68)(cid:77)(cid:70)(cid:68)(cid:11) (cid:40)(cid:75)(cid:75)(cid:84)(cid:76)(cid:72)(cid:77)(cid:64) (cid:78)(cid:69)(cid:69)(cid:68)(cid:81)(cid:82) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:51)(cid:81)(cid:84)(cid:50)(cid:72)(cid:70)(cid:71)(cid:83)
`Oncology UMI Reagents, with unique molecular identifiers (UMls) and
`(cid:46)(cid:77)(cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:78)(cid:70)(cid:88) (cid:52)(cid:44)(cid:40) (cid:49)(cid:68)(cid:64)(cid:70)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:82)(cid:11) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71) (cid:84)(cid:77)(cid:72)(cid:80)(cid:84)(cid:68) (cid:76)(cid:78)(cid:75)(cid:68)(cid:66)(cid:84)(cid:75)(cid:64)(cid:81) (cid:72)(cid:67)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:72)(cid:69)(cid:72)(cid:68)(cid:81)(cid:82) (cid:7)(cid:52)(cid:44)(cid:40)(cid:82)(cid:8) (cid:64)(cid:77)(cid:67)
`errorcorrection software, to lowerthe rate of inherent errors in NGS
`(cid:68)(cid:81)(cid:81)(cid:78)(cid:81) (cid:66)(cid:78)(cid:81)(cid:81)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:82)(cid:78)(cid:69)(cid:83)(cid:86)(cid:64)(cid:81)(cid:68)(cid:11) (cid:83)(cid:78) (cid:75)(cid:78)(cid:86)(cid:68)(cid:81) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:68) (cid:78)(cid:69) (cid:72)(cid:77)(cid:71)(cid:68)(cid:81)(cid:68)(cid:77)(cid:83) (cid:68)(cid:81)(cid:81)(cid:78)(cid:81)(cid:82) (cid:72)(cid:77) (cid:45)(cid:38)(cid:50)
`data. With significant reduction of the background noise level, low-
`(cid:67)(cid:64)(cid:83)(cid:64)(cid:13) (cid:54)(cid:72)(cid:83)(cid:71) (cid:82)(cid:72)(cid:70)(cid:77)(cid:72)(cid:69)(cid:72)(cid:66)(cid:64)(cid:77)(cid:83) (cid:81)(cid:68)(cid:67)(cid:84)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:78)(cid:69) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:65)(cid:64)(cid:66)(cid:74)(cid:70)(cid:81)(cid:78)(cid:84)(cid:77)(cid:67) (cid:77)(cid:78)(cid:72)(cid:82)(cid:68) (cid:75)(cid:68)(cid:85)(cid:68)(cid:75)(cid:11) (cid:75)(cid:78)(cid:86)(cid:12)
`frequency variant calling in NGS data can be performed with
`(cid:69)(cid:81)(cid:68)(cid:80)(cid:84)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:88) (cid:85)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:64)(cid:77)(cid:83) (cid:66)(cid:64)(cid:75)(cid:75)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:72)(cid:77) (cid:45)(cid:38)(cid:50) (cid:67)(cid:64)(cid:83)(cid:64) (cid:66)(cid:64)(cid:77) (cid:65)(cid:68) (cid:79)(cid:68)(cid:81)(cid:69)(cid:78)(cid:81)(cid:76)(cid:68)(cid:67) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71)
`higher confidence.
`(cid:71)(cid:72)(cid:70)(cid:71)(cid:68)(cid:81)(cid:368)(cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:69)(cid:72)(cid:67)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:13)
`
`To explore the possibility of analyzing cancer-related genes in chNA,
`(cid:51)(cid:78) (cid:68)(cid:87)(cid:79)(cid:75)(cid:78)(cid:81)(cid:68) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:79)(cid:78)(cid:82)(cid:82)(cid:72)(cid:65)(cid:72)(cid:75)(cid:72)(cid:83)(cid:88) (cid:78)(cid:69) (cid:64)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:88)(cid:89)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:66)(cid:64)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:81)(cid:12)(cid:81)(cid:68)(cid:75)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:67) (cid:70)(cid:68)(cid:77)(cid:68)(cid:82) (cid:72)(cid:77) (cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:11)
`targeted molecular analysis was performed using the TruSight
`(cid:83)(cid:64)(cid:81)(cid:70)(cid:68)(cid:83)(cid:68)(cid:67) (cid:76)(cid:78)(cid:75)(cid:68)(cid:66)(cid:84)(cid:75)(cid:64)(cid:81) (cid:64)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:88)(cid:82)(cid:72)(cid:82) (cid:86)(cid:64)(cid:82) (cid:79)(cid:68)(cid:81)(cid:69)(cid:78)(cid:81)(cid:76)(cid:68)(cid:67) (cid:84)(cid:82)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:51)(cid:81)(cid:84)(cid:50)(cid:72)(cid:70)(cid:71)(cid:83)
`Oncology UMI Reagents paired with DNA content from TruSight Tumor
`(cid:46)(cid:77)(cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:78)(cid:70)(cid:88) (cid:52)(cid:44)(cid:40) (cid:49)(cid:68)(cid:64)(cid:70)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:82) (cid:79)(cid:64)(cid:72)(cid:81)(cid:68)(cid:67) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71) (cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:368)(cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:83)(cid:68)(cid:77)(cid:83) (cid:69)(cid:81)(cid:78)(cid:76) (cid:51)(cid:81)(cid:84)(cid:50)(cid:72)(cid:70)(cid:71)(cid:83) (cid:51)(cid:84)(cid:76)(cid:78)(cid:81)
`170. This application note demonstrates implementation of UMls within
`(cid:16)(cid:22)(cid:15)(cid:13) (cid:51)(cid:71)(cid:72)(cid:82) (cid:64)(cid:79)(cid:79)(cid:75)(cid:72)(cid:66)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:77)(cid:78)(cid:83)(cid:68) (cid:67)(cid:68)(cid:76)(cid:78)(cid:77)(cid:82)(cid:83)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:82) (cid:72)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:68)(cid:76)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:78)(cid:69) (cid:52)(cid:44)(cid:40)(cid:82) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71)(cid:72)(cid:77)
`the TruSight Oncology workflow, with errorcorrection and resultant low
`(cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:51)(cid:81)(cid:84)(cid:50)(cid:72)(cid:70)(cid:71)(cid:83) (cid:46)(cid:77)(cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:78)(cid:70)(cid:88) (cid:86)(cid:78)(cid:81)(cid:74)(cid:69)(cid:75)(cid:78)(cid:86)(cid:11) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71) (cid:68)(cid:81)(cid:81)(cid:78)(cid:81) (cid:66)(cid:78)(cid:81)(cid:81)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:81)(cid:68)(cid:82)(cid:84)(cid:75)(cid:83)(cid:64)(cid:77)(cid:83) (cid:75)(cid:78)(cid:86)
`LOD during variant analysis of chNA.
`(cid:43)(cid:46)(cid:35) (cid:67)(cid:84)(cid:81)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:85)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:64)(cid:77)(cid:83) (cid:64)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:88)(cid:82)(cid:72)(cid:82) (cid:78)(cid:69) (cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:13)
`
`Methods
`(cid:48)(cid:72)(cid:87)(cid:75)(cid:82)(cid:71)(cid:86)
`
`DNA samples
`(cid:39)(cid:49)(cid:36) (cid:86)(cid:68)(cid:80)(cid:83)(cid:79)(cid:72)(cid:86)
`Fourdifferent sample types were used in the study. Blood collection
`(cid:37)(cid:78)(cid:84)(cid:81) (cid:67)(cid:72)(cid:69)(cid:69)(cid:68)(cid:81)(cid:68)(cid:77)(cid:83) (cid:82)(cid:64)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:68) (cid:83)(cid:88)(cid:79)(cid:68)(cid:82) (cid:86)(cid:68)(cid:81)(cid:68) (cid:84)(cid:82)(cid:68)(cid:67) (cid:72)(cid:77) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:82)(cid:83)(cid:84)(cid:67)(cid:88)(cid:13) (cid:33)(cid:75)(cid:78)(cid:78)(cid:67) (cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:75)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)
`was performed with two different methods to provide chNA samples,
`(cid:86)(cid:64)(cid:82) (cid:79)(cid:68)(cid:81)(cid:69)(cid:78)(cid:81)(cid:76)(cid:68)(cid:67) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71) (cid:83)(cid:86)(cid:78) (cid:67)(cid:72)(cid:69)(cid:69)(cid:68)(cid:81)(cid:68)(cid:77)(cid:83) (cid:76)(cid:68)(cid:83)(cid:71)(cid:78)(cid:67)(cid:82) (cid:83)(cid:78) (cid:79)(cid:81)(cid:78)(cid:85)(cid:72)(cid:67)(cid:68) (cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:82)(cid:64)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:68)(cid:82)(cid:11)
`and two different control DNA samples were used.
`(cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:83)(cid:86)(cid:78) (cid:67)(cid:72)(cid:69)(cid:69)(cid:68)(cid:81)(cid:68)(cid:77)(cid:83) (cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:83)(cid:81)(cid:78)(cid:75) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:82)(cid:64)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:68)(cid:82) (cid:86)(cid:68)(cid:81)(cid:68) (cid:84)(cid:82)(cid:68)(cid:67)(cid:13)
`
`chNA-Streclc Blood samples from healthy individuals were collected
`(cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:12)(cid:50)(cid:83)(cid:81)(cid:68)(cid:66)(cid:74)(cid:25) (cid:33)(cid:75)(cid:78)(cid:78)(cid:67) (cid:82)(cid:64)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:68)(cid:82) (cid:69)(cid:81)(cid:78)(cid:76) (cid:71)(cid:68)(cid:64)(cid:75)(cid:83)(cid:71)(cid:88) (cid:72)(cid:77)(cid:67)(cid:72)(cid:85)(cid:72)(cid:67)(cid:84)(cid:64)(cid:75)(cid:82) (cid:86)(cid:68)(cid:81)(cid:68) (cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:75)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:68)(cid:67)
`in Cell-Free DNA BCT blood collection tubes (Streck) and kept at
`(cid:72)(cid:77) (cid:34)(cid:68)(cid:75)(cid:75)(cid:12)(cid:37)(cid:81)(cid:68)(cid:68) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:33)(cid:34)(cid:51) (cid:65)(cid:75)(cid:78)(cid:78)(cid:67) (cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:75)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:83)(cid:84)(cid:65)(cid:68)(cid:82) (cid:7)(cid:50)(cid:83)(cid:81)(cid:68)(cid:66)(cid:74)(cid:8) (cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:74)(cid:68)(cid:79)(cid:83) (cid:64)(cid:83)
`room temperature for up to two days prior to processing.
`(cid:81)(cid:78)(cid:78)(cid:76) (cid:83)(cid:68)(cid:76)(cid:79)(cid:68)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:84)(cid:81)(cid:68) (cid:69)(cid:78)(cid:81) (cid:84)(cid:79) (cid:83)(cid:78) (cid:83)(cid:86)(cid:78) (cid:67)(cid:64)(cid:88)(cid:82) (cid:79)(cid:81)(cid:72)(cid:78)(cid:81) (cid:83)(cid:78) (cid:79)(cid:81)(cid:78)(cid:66)(cid:68)(cid:82)(cid:82)(cid:72)(cid:77)(cid:70)(cid:13)
`
`chNA-EDTA: For analysis of chNA samples with variants, non-small
`(cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:12)(cid:36)(cid:35)(cid:51)(cid:32)(cid:25) (cid:37)(cid:78)(cid:81) (cid:64)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:88)(cid:82)(cid:72)(cid:82) (cid:78)(cid:69) (cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:82)(cid:64)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:68)(cid:82) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71) (cid:85)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:64)(cid:77)(cid:83)(cid:82)(cid:11) (cid:77)(cid:78)(cid:77)(cid:12)(cid:82)(cid:76)(cid:64)(cid:75)(cid:75)
`cell lung cancer(NSCLC) research samples were provided via a
`(cid:66)(cid:68)(cid:75)(cid:75) (cid:75)(cid:84)(cid:77)(cid:70) (cid:66)(cid:64)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:81) (cid:7)(cid:45)(cid:50)(cid:34)(cid:43)(cid:34)(cid:8) (cid:81)(cid:68)(cid:82)(cid:68)(cid:64)(cid:81)(cid:66)(cid:71) (cid:82)(cid:64)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:68)(cid:82) (cid:86)(cid:68)(cid:81)(cid:68) (cid:79)(cid:81)(cid:78)(cid:85)(cid:72)(cid:67)(cid:68)(cid:67) (cid:85)(cid:72)(cid:64) (cid:64)
`collaboration with the University of Pennsylvania Perelman School of
`(cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:75)(cid:64)(cid:65)(cid:78)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:52)(cid:77)(cid:72)(cid:85)(cid:68)(cid:81)(cid:82)(cid:72)(cid:83)(cid:88) (cid:78)(cid:69) (cid:47)(cid:68)(cid:77)(cid:77)(cid:82)(cid:88)(cid:75)(cid:85)(cid:64)(cid:77)(cid:72)(cid:64) (cid:47)(cid:68)(cid:81)(cid:68)(cid:75)(cid:76)(cid:64)(cid:77) (cid:50)(cid:66)(cid:71)(cid:78)(cid:78)(cid:75) (cid:78)(cid:69)
`Medicine. Blood samples were collected in Vacutainer Plus Plastic
`(cid:44)(cid:68)(cid:67)(cid:72)(cid:66)(cid:72)(cid:77)(cid:68)(cid:13) (cid:33)(cid:75)(cid:78)(cid:78)(cid:67) (cid:82)(cid:64)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:68)(cid:82) (cid:86)(cid:68)(cid:81)(cid:68) (cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:75)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:68)(cid:67) (cid:72)(cid:77) (cid:53)(cid:64)(cid:66)(cid:84)(cid:83)(cid:64)(cid:72)(cid:77)(cid:68)(cid:81) (cid:47)(cid:75)(cid:84)(cid:82) (cid:47)(cid:75)(cid:64)(cid:82)(cid:83)(cid:72)(cid:66)
`KZEDTA Tubes (BD Biosciences) and centrifuged within three hours of
`(cid:42)(cid:21)(cid:36)(cid:35)(cid:51)(cid:32) (cid:51)(cid:84)(cid:65)(cid:68)(cid:82) (cid:7)(cid:33)(cid:35) (cid:33)(cid:72)(cid:78)(cid:82)(cid:66)(cid:72)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:82)(cid:8) (cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:66)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:81)(cid:72)(cid:69)(cid:84)(cid:70)(cid:68)(cid:67) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71)(cid:72)(cid:77) (cid:83)(cid:71)(cid:81)(cid:68)(cid:68) (cid:71)(cid:78)(cid:84)(cid:81)(cid:82) (cid:78)(cid:69)
`collection.
`(cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:75)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)(cid:13)
`Nucleosomal control DNA: Because nuclease-treated chromatin
`(cid:45)(cid:84)(cid:66)(cid:75)(cid:68)(cid:78)(cid:82)(cid:78)(cid:76)(cid:64)(cid:75) (cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:83)(cid:81)(cid:78)(cid:75) (cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:25) (cid:33)(cid:68)(cid:66)(cid:64)(cid:84)(cid:82)(cid:68) (cid:77)(cid:84)(cid:66)(cid:75)(cid:68)(cid:64)(cid:82)(cid:68)(cid:12)(cid:83)(cid:81)(cid:68)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:67) (cid:66)(cid:71)(cid:81)(cid:78)(cid:76)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:77)
`results in DNAthat resembles chNA in size distribution (~170 bp),
`(cid:81)(cid:68)(cid:82)(cid:84)(cid:75)(cid:83)(cid:82) (cid:72)(cid:77) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:83)(cid:71)(cid:64)(cid:83) (cid:81)(cid:68)(cid:82)(cid:68)(cid:76)(cid:65)(cid:75)(cid:68)(cid:82) (cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:72)(cid:77) (cid:82)(cid:72)(cid:89)(cid:68) (cid:67)(cid:72)(cid:82)(cid:83)(cid:81)(cid:72)(cid:65)(cid:84)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:7)(cid:93)(cid:16)(cid:22)(cid:15) (cid:65)(cid:79)(cid:8)(cid:11)
`nucleosomal control DNA was prepared from the LoVo cancercell
`(cid:77)(cid:84)(cid:66)(cid:75)(cid:68)(cid:78)(cid:82)(cid:78)(cid:76)(cid:64)(cid:75) (cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:83)(cid:81)(cid:78)(cid:75) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:86)(cid:64)(cid:82) (cid:79)(cid:81)(cid:68)(cid:79)(cid:64)(cid:81)(cid:68)(cid:67) (cid:69)(cid:81)(cid:78)(cid:76) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:43)(cid:78)(cid:53)(cid:78) (cid:66)(cid:64)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:81) (cid:66)(cid:68)(cid:75)(cid:75)
`line (ECACC 87060101) containing two known single nucleotide
`(cid:75)(cid:72)(cid:77)(cid:68) (cid:7)(cid:36)(cid:34)(cid:32)(cid:34)(cid:34) (cid:23)(cid:22)(cid:15)(cid:21)(cid:15)(cid:16)(cid:15)(cid:16)(cid:8) (cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:83)(cid:64)(cid:72)(cid:77)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:86)(cid:78) (cid:74)(cid:77)(cid:78)(cid:86)(cid:77) (cid:82)(cid:72)(cid:77)(cid:70)(cid:75)(cid:68) (cid:77)(cid:84)(cid:66)(cid:75)(cid:68)(cid:78)(cid:83)(cid:72)(cid:67)(cid:68)
`variants (SNVs). A method using the EZ Nucleosomal DNA Prep Kit
`(cid:85)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:64)(cid:77)(cid:83)(cid:82) (cid:7)(cid:50)(cid:45)(cid:53)(cid:82)(cid:8)(cid:13) (cid:32) (cid:76)(cid:68)(cid:83)(cid:71)(cid:78)(cid:67) (cid:84)(cid:82)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:36)(cid:57) (cid:45)(cid:84)(cid:66)(cid:75)(cid:68)(cid:78)(cid:82)(cid:78)(cid:76)(cid:64)(cid:75) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:47)(cid:81)(cid:68)(cid:79) (cid:42)(cid:72)(cid:83)
`(Zymo Research) is described in more detail in a technical note
`(cid:7)(cid:57)(cid:88)(cid:76)(cid:78) (cid:49)(cid:68)(cid:82)(cid:68)(cid:64)(cid:81)(cid:66)(cid:71)(cid:8) (cid:72)(cid:82) (cid:67)(cid:68)(cid:82)(cid:66)(cid:81)(cid:72)(cid:65)(cid:68)(cid:67) (cid:72)(cid:77) (cid:76)(cid:78)(cid:81)(cid:68) (cid:67)(cid:68)(cid:83)(cid:64)(cid:72)(cid:75) (cid:72)(cid:77) (cid:64) (cid:83)(cid:68)(cid:66)(cid:71)(cid:77)(cid:72)(cid:66)(cid:64)(cid:75) (cid:77)(cid:78)(cid:83)(cid:68)
`
`provided bylllumina.1
`(cid:79)(cid:81)(cid:78)(cid:85)(cid:72)(cid:67)(cid:68)(cid:67) (cid:65)(cid:88) (cid:40)(cid:75)(cid:75)(cid:84)(cid:76)(cid:72)(cid:77)(cid:64)(cid:13)(cid:16)
`
`Horizon control DNA: Horizon H D753 control DNA (Horizon) contains
`(cid:39)(cid:78)(cid:81)(cid:72)(cid:89)(cid:78)(cid:77) (cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:83)(cid:81)(cid:78)(cid:75) (cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:25) (cid:39)(cid:78)(cid:81)(cid:72)(cid:89)(cid:78)(cid:77) (cid:39)(cid:35)(cid:22)(cid:20)(cid:18) (cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:83)(cid:81)(cid:78)(cid:75) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:7)(cid:39)(cid:78)(cid:81)(cid:72)(cid:89)(cid:78)(cid:77)(cid:8) (cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:83)(cid:64)(cid:72)(cid:77)(cid:82)
`known variants including three SNVs, two insertions/deletions
`(cid:74)(cid:77)(cid:78)(cid:86)(cid:77) (cid:85)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:64)(cid:77)(cid:83)(cid:82) (cid:72)(cid:77)(cid:66)(cid:75)(cid:84)(cid:67)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:71)(cid:81)(cid:68)(cid:68) (cid:50)(cid:45)(cid:53)(cid:82)(cid:11) (cid:83)(cid:86)(cid:78) (cid:72)(cid:77)(cid:82)(cid:68)(cid:81)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)(cid:82)(cid:14)(cid:67)(cid:68)(cid:75)(cid:68)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)(cid:82)
`(indels), and two copy numbervariants (CNVs). Horizon control DNA
`(cid:7)(cid:72)(cid:77)(cid:67)(cid:68)(cid:75)(cid:82)(cid:8)(cid:11) (cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:83)(cid:86)(cid:78) (cid:66)(cid:78)(cid:79)(cid:88) (cid:77)(cid:84)(cid:76)(cid:65)(cid:68)(cid:81) (cid:85)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:64)(cid:77)(cid:83)(cid:82) (cid:7)(cid:34)(cid:45)(cid:53)(cid:82)(cid:8)(cid:13) (cid:39)(cid:78)(cid:81)(cid:72)(cid:89)(cid:78)(cid:77) (cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:83)(cid:81)(cid:78)(cid:75) (cid:35)(cid:45)(cid:32)
`was sheared during preparation. Because the library conversion
`(cid:86)(cid:64)(cid:82) (cid:82)(cid:71)(cid:68)(cid:64)(cid:81)(cid:68)(cid:67) (cid:67)(cid:84)(cid:81)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:79)(cid:81)(cid:68)(cid:79)(cid:64)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)(cid:13) (cid:33)(cid:68)(cid:66)(cid:64)(cid:84)(cid:82)(cid:68) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:75)(cid:72)(cid:65)(cid:81)(cid:64)(cid:81)(cid:88) (cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:85)(cid:68)(cid:81)(cid:82)(cid:72)(cid:78)(cid:77)
`efficiency of mechanically sheared DNA is lowerthan chNA, more
`(cid:68)(cid:69)(cid:69)(cid:72)(cid:66)(cid:72)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:88) (cid:78)(cid:69) (cid:76)(cid:68)(cid:66)(cid:71)(cid:64)(cid:77)(cid:72)(cid:66)(cid:64)(cid:75)(cid:75)(cid:88) (cid:82)(cid:71)(cid:68)(cid:64)(cid:81)(cid:68)(cid:67) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:72)(cid:82) (cid:75)(cid:78)(cid:86)(cid:68)(cid:81) (cid:83)(cid:71)(cid:64)(cid:77) (cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:11) (cid:76)(cid:78)(cid:81)(cid:68)
`Horizon DNA was used for library prep.
`(cid:39)(cid:78)(cid:81)(cid:72)(cid:89)(cid:78)(cid:77) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:86)(cid:64)(cid:82) (cid:84)(cid:82)(cid:68)(cid:67) (cid:69)(cid:78)(cid:81) (cid:75)(cid:72)(cid:65)(cid:81)(cid:64)(cid:81)(cid:88) (cid:79)(cid:81)(cid:68)(cid:79)(cid:13)
`
`For both blood sample types, DNA was extracted with the QIAamp
`(cid:37)(cid:78)(cid:81) (cid:65)(cid:78)(cid:83)(cid:71) (cid:65)(cid:75)(cid:78)(cid:78)(cid:67) (cid:82)(cid:64)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:68) (cid:83)(cid:88)(cid:79)(cid:68)(cid:82)(cid:11) (cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:368)(cid:86)(cid:64)(cid:82) (cid:68)(cid:87)(cid:83)(cid:81)(cid:64)(cid:66)(cid:83)(cid:68)(cid:67) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:48)(cid:40)(cid:32)(cid:64)(cid:76)(cid:79)
`Circulating Nucleic Acid Kit (QIAGEN) according to manufacturer
`(cid:34)(cid:72)(cid:81)(cid:66)(cid:84)(cid:75)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:45)(cid:84)(cid:66)(cid:75)(cid:68)(cid:72)(cid:66) (cid:32)(cid:66)(cid:72)(cid:67) (cid:42)(cid:72)(cid:83) (cid:7)(cid:48)(cid:40)(cid:32)(cid:38)(cid:36)(cid:45)(cid:8) (cid:64)(cid:66)(cid:66)(cid:78)(cid:81)(cid:67)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:78) (cid:76)(cid:64)(cid:77)(cid:84)(cid:69)(cid:64)(cid:66)(cid:83)(cid:84)(cid:81)(cid:68)(cid:81)
`instructions , except that twice the recommended plasma volume was
`(cid:72)(cid:77)(cid:82)(cid:83)(cid:81)(cid:84)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)(cid:82) (cid:11) (cid:68)(cid:87)(cid:66)(cid:68)(cid:79)(cid:83) (cid:83)(cid:71)(cid:64)(cid:83) (cid:83)(cid:86)(cid:72)(cid:66)(cid:68) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:81)(cid:68)(cid:66)(cid:78)(cid:76)(cid:76)(cid:68)(cid:77)(cid:67)(cid:68)(cid:67) (cid:79)(cid:75)(cid:64)(cid:82)(cid:76)(cid:64) (cid:85)(cid:78)(cid:75)(cid:84)(cid:76)(cid:68) (cid:86)(cid:64)(cid:82)
`bound to the spin column. Quantification was performed on a
`(cid:65)(cid:78)(cid:84)(cid:77)(cid:67) (cid:83)(cid:78) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:82)(cid:79)(cid:72)(cid:77) (cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:84)(cid:76)(cid:77)(cid:13) (cid:48)(cid:84)(cid:64)(cid:77)(cid:83)(cid:72)(cid:69)(cid:72)(cid:66)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:86)(cid:64)(cid:82) (cid:79)(cid:68)(cid:81)(cid:69)(cid:78)(cid:81)(cid:76)(cid:68)(cid:67) (cid:78)(cid:77) (cid:64)
`Fragment Analyzer using the High Sensitivity Large Fragment Analysis
`(cid:37)(cid:81)(cid:64)(cid:70)(cid:76)(cid:68)(cid:77)(cid:83) (cid:32)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:88)(cid:89)(cid:68)(cid:81) (cid:84)(cid:82)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:39)(cid:72)(cid:70)(cid:71) (cid:50)(cid:68)(cid:77)(cid:82)(cid:72)(cid:83)(cid:72)(cid:85)(cid:72)(cid:83)(cid:88) (cid:43)(cid:64)(cid:81)(cid:70)(cid:68) (cid:37)(cid:81)(cid:64)(cid:70)(cid:76)(cid:68)(cid:77)(cid:83) (cid:32)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:88)(cid:82)(cid:72)(cid:82)
`Kit (Advanced Analytical). Sample concentration was measured using
`(cid:42)(cid:72)(cid:83) (cid:7)(cid:32)(cid:67)(cid:85)(cid:64)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:67) (cid:32)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:88)(cid:83)(cid:72)(cid:66)(cid:64)(cid:75)(cid:8)(cid:13) (cid:50)(cid:64)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:68) (cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:86)(cid:64)(cid:82) (cid:76)(cid:68)(cid:64)(cid:82)(cid:84)(cid:81)(cid:68)(cid:67) (cid:84)(cid:82)(cid:72)(cid:77)(cid:70)
`the 75—250 bp range for chNA and the 50—700 bp range for Horizon
`(cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:22)(cid:20)(cid:108)(cid:17)(cid:20)(cid:15) (cid:65)(cid:79) (cid:81)(cid:64)(cid:77)(cid:70)(cid:68) (cid:69)(cid:78)(cid:81) (cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:20)(cid:15)(cid:108)(cid:22)(cid:15)(cid:15) (cid:65)(cid:79) (cid:81)(cid:64)(cid:77)(cid:70)(cid:68) (cid:69)(cid:78)(cid:81) (cid:39)(cid:78)(cid:81)(cid:72)(cid:89)(cid:78)(cid:77)
`control DNA. For each library prep made with chNA or nucleosomal
`(cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:83)(cid:81)(cid:78)(cid:75) (cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:13) (cid:37)(cid:78)(cid:81) (cid:68)(cid:64)(cid:66)(cid:71) (cid:75)(cid:72)(cid:65)(cid:81)(cid:64)(cid:81)(cid:88) (cid:79)(cid:81)(cid:68)(cid:79) (cid:76)(cid:64)(cid:67)(cid:68) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71) (cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:78)(cid:81) (cid:77)(cid:84)(cid:66)(cid:75)(cid:68)(cid:78)(cid:82)(cid:78)(cid:76)(cid:64)(cid:75)
`control DNA, 30 ng chNA was used. For Horizon control DNA, 75 ng
`(cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:83)(cid:81)(cid:78)(cid:75) (cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:11) (cid:18)(cid:15) (cid:77)(cid:70) (cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:86)(cid:64)(cid:82) (cid:84)(cid:82)(cid:68)(cid:67)(cid:13) (cid:37)(cid:78)(cid:81) (cid:39)(cid:78)(cid:81)(cid:72)(cid:89)(cid:78)(cid:77) (cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:83)(cid:81)(cid:78)(cid:75) (cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:11) (cid:22)(cid:20) (cid:77)(cid:70)
`input DNA was used.
`(cid:72)(cid:77)(cid:79)(cid:84)(cid:83) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:86)(cid:64)(cid:82) (cid:84)(cid:82)(cid:68)(cid:67)(cid:13)
`
`Library preparation
`(cid:47)(cid:76)(cid:69)(cid:85)(cid:68)(cid:85)(cid:92) (cid:83)(cid:85)(cid:72)(cid:83)(cid:68)(cid:85)(cid:68)(cid:87)(cid:76)(cid:82)(cid:81)
`
`Libraries were prepared according to the reference guides for the
`(cid:43)(cid:72)(cid:65)(cid:81)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:68)(cid:82) (cid:86)(cid:68)(cid:81)(cid:68) (cid:79)(cid:81)(cid:68)(cid:79)(cid:64)(cid:81)(cid:68)(cid:67) (cid:64)(cid:66)(cid:66)(cid:78)(cid:81)(cid:67)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:78) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:81)(cid:68)(cid:69)(cid:68)(cid:81)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:68) (cid:70)(cid:84)(cid:72)(cid:67)(cid:68)(cid:82) (cid:69)(cid:78)(cid:81) (cid:83)(cid:71)(cid:68)
`TruSight Oncology UMI Reagents2 and TruSight Tumor 1 703 following
`(cid:51)(cid:81)(cid:84)(cid:50)(cid:72)(cid:70)(cid:71)(cid:83) (cid:46)(cid:77)(cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:78)(cid:70)(cid:88) (cid:52)(cid:44)(cid:40) (cid:49)(cid:68)(cid:64)(cid:70)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:82)(cid:17) (cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:51)(cid:81)(cid:84)(cid:50)(cid:72)(cid:70)(cid:71)(cid:83) (cid:51)(cid:84)(cid:76)(cid:78)(cid:81) (cid:16)(cid:22)(cid:15)(cid:18) (cid:69)(cid:78)(cid:75)(cid:75)(cid:78)(cid:86)(cid:72)(cid:77)(cid:70)
`the DNA workflow only. Because chNA is already small when
`(cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:86)(cid:78)(cid:81)(cid:74)(cid:69)(cid:75)(cid:78)(cid:86) (cid:78)(cid:77)(cid:75)(cid:88)(cid:13) (cid:33)(cid:68)(cid:66)(cid:64)(cid:84)(cid:82)(cid:68) (cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:72)(cid:82) (cid:64)(cid:75)(cid:81)(cid:68)(cid:64)(cid:67)(cid:88) (cid:82)(cid:76)(cid:64)(cid:75)(cid:75) (cid:86)(cid:71)(cid:68)(cid:77)
`extracted, the DNA shearing step was omitted from the protocol during
`(cid:68)(cid:87)(cid:83)(cid:81)(cid:64)(cid:66)(cid:83)(cid:68)(cid:67)(cid:11) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:82)(cid:71)(cid:68)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:82)(cid:83)(cid:68)(cid:79) (cid:86)(cid:64)(cid:82) (cid:78)(cid:76)(cid:72)(cid:83)(cid:83)(cid:68)(cid:67) (cid:69)(cid:81)(cid:78)(cid:76) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:79)(cid:81)(cid:78)(cid:83)(cid:78)(cid:66)(cid:78)(cid:75) (cid:67)(cid:84)(cid:81)(cid:72)(cid:77)(cid:70)
`library preparation forblood samples, and control DNA samples were
`(cid:75)(cid:72)(cid:65)(cid:81)(cid:64)(cid:81)(cid:88) (cid:79)(cid:81)(cid:68)(cid:79)(cid:64)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:69)(cid:78)(cid:81) (cid:65)(cid:75)(cid:78)(cid:78)(cid:67) (cid:82)(cid:64)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:68)(cid:82)(cid:11) (cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:83)(cid:81)(cid:78)(cid:75) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:82)(cid:64)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:68)(cid:82) (cid:86)(cid:68)(cid:81)(cid:68)
`sheared mechanically orenzymatically priorto use in the assay.
`(cid:82)(cid:71)(cid:68)(cid:64)(cid:81)(cid:68)(cid:67) (cid:76)(cid:68)(cid:66)(cid:71)(cid:64)(cid:77)(cid:72)(cid:66)(cid:64)(cid:75)(cid:75)(cid:88) (cid:78)(cid:81) (cid:68)(cid:77)(cid:89)(cid:88)(cid:76)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:66)(cid:64)(cid:75)(cid:75)(cid:88) (cid:79)(cid:81)(cid:72)(cid:78)(cid:81) (cid:83)(cid:78) (cid:84)(cid:82)(cid:68) (cid:72)(cid:77) (cid:83)(cid:71)(cid:68)(cid:368)(cid:64)(cid:82)(cid:82)(cid:64)(cid:88)(cid:13)
`
`Sequencing
`(cid:54)(cid:72)(cid:84)(cid:88)(cid:72)(cid:81)(cid:70)(cid:76)(cid:81)(cid:74)
`Instrument compatibility was demonstrated with three different lllumina
`(cid:40)(cid:77)(cid:82)(cid:83)(cid:81)(cid:84)(cid:76)(cid:68)(cid:77)(cid:83) (cid:66)(cid:78)(cid:76)(cid:79)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:65)(cid:72)(cid:75)(cid:72)(cid:83)(cid:88) (cid:86)(cid:64)(cid:82) (cid:67)(cid:68)(cid:76)(cid:78)(cid:77)(cid:82)(cid:83)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:67) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71) (cid:83)(cid:71)(cid:81)(cid:68)(cid:68) (cid:67)(cid:72)(cid:69)(cid:69)(cid:68)(cid:81)(cid:68)(c