Case 1:20-cv-01644-RGA Document 1-53 Filed 12/03/20 Page 1 of 3 PageID #: 1305
`Case 1:20-cv-01644-RGA Document 1-53 Filed 12/03/20 Page 1 of 3 PageID #: 1305
`
`EXHIBIT 53
`
`EXHIBIT 53
`
`
`
`
`
`
`Case 1:20-cv-01644-RGA Document 1-53 Filed 12/03/20 Page 1 of 3 PageID #: 1305
`
`EXHIBIT 53
`
`EXHIBIT 53
`
`
`
`
`
`
`
`Case 1:20-cv-01644-RGA Document 1-53 Filed 12/03/20 Page 2 of 3 PageID #: 1306
`Case 1:20-cv-01644-RGA Document 1-53 Filed 12/03/20 Page 2 of 3 PagelD #: 1306
`(cid:51)(cid:85)(cid:72)(cid:83)(cid:68)(cid:85)(cid:72) (cid:47)(cid:76)(cid:69)(cid:85)(cid:68)(cid:85)(cid:92)(cid:368)(cid:368)(cid:91)(cid:368)(cid:368)(cid:50)(cid:68)(cid:80)(cid:84)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:368)(cid:368)(cid:91)(cid:368)(cid:368)(cid:32)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:88)(cid:89)(cid:68) (cid:35)(cid:64)(cid:83)(cid:64)
`Prepare Library | Sequence | Analyze Data
`
`(cid:50)(cid:83)(cid:87)(cid:76)(cid:82)(cid:81)(cid:86) (cid:73)(cid:82)(cid:85) (cid:38)(cid:82)(cid:81)(cid:87)(cid:85)(cid:82)(cid:79) (cid:48)(cid:68)(cid:87)(cid:72)(cid:85)(cid:76)(cid:68)(cid:79)(cid:86) (cid:73)(cid:82)(cid:85) (cid:49)(cid:42)(cid:54) (cid:36)(cid:81)(cid:68)(cid:79)(cid:92)(cid:86)(cid:76)(cid:86)
`Options for Control Materials for NGS Analysis
`(cid:82)(cid:73) (cid:38)(cid:76)(cid:85)(cid:70)(cid:88)(cid:79)(cid:68)(cid:87)(cid:76)(cid:81)(cid:74) (cid:38)(cid:72)(cid:79)(cid:79)(cid:16)(cid:41)(cid:85)(cid:72)(cid:72) (cid:39)(cid:49)(cid:36)
`of Circulating Cell-Free DNA
`(cid:38)(cid:82)(cid:80)(cid:83)(cid:68)(cid:85)(cid:76)(cid:86)(cid:82)(cid:81) (cid:82)(cid:73) (cid:81)(cid:88)(cid:70)(cid:79)(cid:72)(cid:82)(cid:86)(cid:82)(cid:80)(cid:68)(cid:79) (cid:39)(cid:49)(cid:36)(cid:125)(cid:68)(cid:81)(cid:71) (cid:73)(cid:85)(cid:68)(cid:74)(cid:80)(cid:72)(cid:81)(cid:87)(cid:72)(cid:71) (cid:74)(cid:72)(cid:81)(cid:82)(cid:80)(cid:76)(cid:70) (cid:39)(cid:49)(cid:36) (cid:11)(cid:74)(cid:39)(cid:49)(cid:36)(cid:12)(cid:17)
`Comparison of nucleosomal DNA and fragmented genomic DNA (gDNA).
`
`Introduction
`(cid:44)(cid:81)(cid:87)(cid:85)(cid:82)(cid:71)(cid:88)(cid:70)(cid:87)(cid:76)(cid:82)(cid:81)
`The analysis ofcirculating cell-free DNA (chNA) in cancer research
`(cid:51)(cid:71)(cid:68) (cid:64)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:88)(cid:82)(cid:72)(cid:82) (cid:78)(cid:69) (cid:66)(cid:72)(cid:81)(cid:66)(cid:84)(cid:75)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:66)(cid:68)(cid:75)(cid:75)(cid:12)(cid:69)(cid:81)(cid:68)(cid:68) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:7)(cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:8) (cid:72)(cid:77) (cid:66)(cid:64)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:81) (cid:81)(cid:68)(cid:82)(cid:68)(cid:64)(cid:81)(cid:66)(cid:71)
`holds promise forthe development of noninvasive diagnostics and
`(cid:71)(cid:78)(cid:75)(cid:67)(cid:82) (cid:79)(cid:81)(cid:78)(cid:76)(cid:72)(cid:82)(cid:68) (cid:69)(cid:78)(cid:81) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:67)(cid:68)(cid:85)(cid:68)(cid:75)(cid:78)(cid:79)(cid:76)(cid:68)(cid:77)(cid:83) (cid:78)(cid:69) (cid:77)(cid:78)(cid:77)(cid:72)(cid:77)(cid:85)(cid:64)(cid:82)(cid:72)(cid:85)(cid:68) (cid:67)(cid:72)(cid:64)(cid:70)(cid:77)(cid:78)(cid:82)(cid:83)(cid:72)(cid:66)(cid:82) (cid:64)(cid:77)(cid:67)
`monitoring. To provide accurate information, reference materials are
`(cid:76)(cid:78)(cid:77)(cid:72)(cid:83)(cid:78)(cid:81)(cid:72)(cid:77)(cid:70)(cid:13) (cid:51)(cid:78) (cid:79)(cid:81)(cid:78)(cid:85)(cid:72)(cid:67)(cid:68) (cid:64)(cid:66)(cid:66)(cid:84)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:68) (cid:72)(cid:77)(cid:69)(cid:78)(cid:81)(cid:76)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)(cid:11) (cid:81)(cid:68)(cid:69)(cid:68)(cid:81)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:68) (cid:76)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:81)(cid:72)(cid:64)(cid:75)(cid:82) (cid:64)(cid:81)(cid:68)
`needed for benchmarking lab procedures and data quality.
`(cid:77)(cid:68)(cid:68)(cid:67)(cid:68)(cid:67) (cid:69)(cid:78)(cid:81) (cid:65)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:71)(cid:76)(cid:64)(cid:81)(cid:74)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:75)(cid:64)(cid:65) (cid:79)(cid:81)(cid:78)(cid:66)(cid:68)(cid:67)(cid:84)(cid:81)(cid:68)(cid:82) (cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:67)(cid:64)(cid:83)(cid:64) (cid:80)(cid:84)(cid:64)(cid:75)(cid:72)(cid:83)(cid:88)(cid:13)
`Traditionally, chNA analysis has employed shearing ongNAto
`(cid:51)(cid:81)(cid:64)(cid:67)(cid:72)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:75)(cid:88)(cid:11) (cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:64)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:88)(cid:82)(cid:72)(cid:82) (cid:71)(cid:64)(cid:82) (cid:68)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:78)(cid:88)(cid:68)(cid:67) (cid:82)(cid:71)(cid:68)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:78)(cid:69) (cid:70)(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:83)(cid:78)
`generate small fragments to use as reference materials. However,
`(cid:70)(cid:68)(cid:77)(cid:68)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:68) (cid:82)(cid:76)(cid:64)(cid:75)(cid:75) (cid:69)(cid:81)(cid:64)(cid:70)(cid:76)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:82) (cid:83)(cid:78) (cid:84)(cid:82)(cid:68) (cid:64)(cid:82) (cid:81)(cid:68)(cid:69)(cid:68)(cid:81)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:68) (cid:76)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:81)(cid:72)(cid:64)(cid:75)(cid:82)(cid:13) (cid:39)(cid:78)(cid:86)(cid:68)(cid:85)(cid:68)(cid:81)(cid:11)
`DNA sonication may cause DNA oxidation leading to artifactual base
`(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:82)(cid:78)(cid:77)(cid:72)(cid:66)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:76)(cid:64)(cid:88) (cid:66)(cid:64)(cid:84)(cid:82)(cid:68) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:78)(cid:87)(cid:72)(cid:67)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:75)(cid:68)(cid:64)(cid:67)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:78) (cid:64)(cid:81)(cid:83)(cid:72)(cid:69)(cid:64)(cid:66)(cid:83)(cid:84)(cid:64)(cid:75) (cid:65)(cid:64)(cid:82)(cid:68)
`changes in sample DNA.1 While oxidation-induced errors may be
`(cid:66)(cid:71)(cid:64)(cid:77)(cid:70)(cid:68)(cid:82) (cid:72)(cid:77) (cid:82)(cid:64)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:68) (cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:13)(cid:16) (cid:54)(cid:71)(cid:72)(cid:75)(cid:68) (cid:78)(cid:87)(cid:72)(cid:67)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)(cid:12)(cid:72)(cid:77)(cid:67)(cid:84)(cid:66)(cid:68)(cid:67) (cid:68)(cid:81)(cid:81)(cid:78)(cid:81)(cid:82) (cid:76)(cid:64)(cid:88) (cid:65)(cid:68)
`rare, false positives become more problematic as cancer researchers
`(cid:81)(cid:64)(cid:81)(cid:68)(cid:11) (cid:69)(cid:64)(cid:75)(cid:82)(cid:68) (cid:79)(cid:78)(cid:82)(cid:72)(cid:83)(cid:72)(cid:85)(cid:68)(cid:82) (cid:65)(cid:68)(cid:66)(cid:78)(cid:76)(cid:68) (cid:76)(cid:78)(cid:81)(cid:68) (cid:79)(cid:81)(cid:78)(cid:65)(cid:75)(cid:68)(cid:76)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:66) (cid:64)(cid:82) (cid:66)(cid:64)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:81) (cid:81)(cid:68)(cid:82)(cid:68)(cid:64)(cid:81)(cid:66)(cid:71)(cid:68)(cid:81)(cid:82)
`strive to lowerthe limit of detection forvariant calling.
`(cid:82)(cid:83)(cid:81)(cid:72)(cid:85)(cid:68) (cid:83)(cid:78) (cid:75)(cid:78)(cid:86)(cid:68)(cid:81) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:75)(cid:72)(cid:76)(cid:72)(cid:83) (cid:78)(cid:69) (cid:67)(cid:68)(cid:83)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:69)(cid:78)(cid:81) (cid:85)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:64)(cid:77)(cid:83) (cid:66)(cid:64)(cid:75)(cid:75)(cid:72)(cid:77)(cid:70)(cid:13)
`
`chNA is thought to be generated in vivo by endonuclease cleavage of
`(cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:72)(cid:82) (cid:83)(cid:71)(cid:78)(cid:84)(cid:70)(cid:71)(cid:83) (cid:83)(cid:78) (cid:65)(cid:68) (cid:70)(cid:68)(cid:77)(cid:68)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:67)(cid:72)(cid:77)(cid:85)(cid:72)(cid:85)(cid:78)(cid:65)(cid:88) (cid:68)(cid:77)(cid:67)(cid:78)(cid:77)(cid:84)(cid:66)(cid:75)(cid:68)(cid:64)(cid:82)(cid:68) (cid:66)(cid:75)(cid:68)(cid:64)(cid:85)(cid:64)(cid:70)(cid:68) (cid:78)(cid:69)
`chromatin, leading to a narrow fragment distribution around 170 bp.2
`(cid:66)(cid:71)(cid:81)(cid:78)(cid:76)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:77)(cid:11) (cid:75)(cid:68)(cid:64)(cid:67)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:78) (cid:64) (cid:77)(cid:64)(cid:81)(cid:81)(cid:78)(cid:86) (cid:69)(cid:81)(cid:64)(cid:70)(cid:76)(cid:68)(cid:77)(cid:83) (cid:67)(cid:72)(cid:82)(cid:83)(cid:81)(cid:72)(cid:65)(cid:84)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:64)(cid:81)(cid:78)(cid:84)(cid:77)(cid:67) (cid:16)(cid:22)(cid:15) (cid:65)(cid:79)(cid:13)(cid:17)
`Therefore, a method to digest nucleosomal DNA in vitro may be useful
`(cid:51)(cid:71)(cid:68)(cid:81)(cid:68)(cid:69)(cid:78)(cid:81)(cid:68)(cid:11) (cid:64) (cid:76)(cid:68)(cid:83)(cid:71)(cid:78)(cid:67) (cid:83)(cid:78) (cid:67)(cid:72)(cid:70)(cid:68)(cid:82)(cid:83) (cid:77)(cid:84)(cid:66)(cid:75)(cid:68)(cid:78)(cid:82)(cid:78)(cid:76)(cid:64)(cid:75) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:72)(cid:77)(cid:85)(cid:72)(cid:83)(cid:81)(cid:78)(cid:76)(cid:64)(cid:88) (cid:65)(cid:68) (cid:84)(cid:82)(cid:68)(cid:69)(cid:84)(cid:75)
`formaking control materials that are biochemically similar to chNA.
`(cid:69)(cid:78)(cid:81) (cid:76)(cid:64)(cid:74)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:83)(cid:81)(cid:78)(cid:75) (cid:76)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:81)(cid:72)(cid:64)(cid:75)(cid:82) (cid:83)(cid:71)(cid:64)(cid:83) (cid:64)(cid:81)(cid:68) (cid:65)(cid:72)(cid:78)(cid:66)(cid:71)(cid:68)(cid:76)(cid:72)(cid:66)(cid:64)(cid:75)(cid:75)(cid:88) (cid:82)(cid:72)(cid:76)(cid:72)(cid:75)(cid:64)(cid:81) (cid:83)(cid:78) (cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:13)
`This technical note describes options for generating chNA control
`(cid:51)(cid:71)(cid:72)(cid:82) (cid:83)(cid:68)(cid:66)(cid:71)(cid:77)(cid:72)(cid:66)(cid:64)(cid:75) (cid:77)(cid:78)(cid:83)(cid:68) (cid:67)(cid:68)(cid:82)(cid:66)(cid:81)(cid:72)(cid:65)(cid:68)(cid:82) (cid:78)(cid:79)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)(cid:82) (cid:69)(cid:78)(cid:81) (cid:70)(cid:68)(cid:77)(cid:68)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:83)(cid:81)(cid:78)(cid:75)
`materials and compares the performance of chNA, nucleosomal
`(cid:76)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:81)(cid:72)(cid:64)(cid:75)(cid:82) (cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:66)(cid:78)(cid:76)(cid:79)(cid:64)(cid:81)(cid:68)(cid:82) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:79)(cid:68)(cid:81)(cid:69)(cid:78)(cid:81)(cid:76)(cid:64)(cid:77)(cid:66)(cid:68) (cid:78)(cid:69) (cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:11) (cid:77)(cid:84)(cid:66)(cid:75)(cid:68)(cid:78)(cid:82)(cid:78)(cid:76)(cid:64)(cid:75)
`DNA, and purified gDNA fragmented by either sonication or
`(cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:11) (cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:79)(cid:84)(cid:81)(cid:72)(cid:69)(cid:72)(cid:68)(cid:67) (cid:70)(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:69)(cid:81)(cid:64)(cid:70)(cid:76)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:68)(cid:67) (cid:65)(cid:88) (cid:68)(cid:72)(cid:83)(cid:71)(cid:68)(cid:81) (cid:82)(cid:78)(cid:77)(cid:72)(cid:66)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:78)(cid:81)
`enzymatic digestion.
`(cid:68)(cid:77)(cid:89)(cid:88)(cid:76)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:66)(cid:368)(cid:67)(cid:72)(cid:70)(cid:68)(cid:82)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)(cid:13)
`
`Methods
`(cid:48)(cid:72)(cid:87)(cid:75)(cid:82)(cid:71)(cid:86)
`
`DNA preparation
`(cid:39)(cid:49)(cid:36) (cid:83)(cid:85)(cid:72)(cid:83)(cid:68)(cid:85)(cid:68)(cid:87)(cid:76)(cid:82)(cid:81)
`chNA: Blood from healthy individuals (n = 7) was collected in Cell-Free
`(cid:70)(cid:73)(cid:39)(cid:49)(cid:36)(cid:25) (cid:33)(cid:75)(cid:78)(cid:78)(cid:67) (cid:69)(cid:81)(cid:78)(cid:76) (cid:71)(cid:68)(cid:64)(cid:75)(cid:83)(cid:71)(cid:88) (cid:72)(cid:77)(cid:67)(cid:72)(cid:85)(cid:72)(cid:67)(cid:84)(cid:64)(cid:75)(cid:82) (cid:7)(cid:77) (cid:28) (cid:22)(cid:8) (cid:86)(cid:64)(cid:82) (cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:75)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:68)(cid:67) (cid:72)(cid:77) (cid:34)(cid:68)(cid:75)(cid:75)(cid:12)(cid:37)(cid:81)(cid:68)(cid:68)
`DNA BCT blood collection tubes (Streck), and DNA was extracted with
`(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:33)(cid:34)(cid:51) (cid:65)(cid:75)(cid:78)(cid:78)(cid:67) (cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:75)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:83)(cid:84)(cid:65)(cid:68)(cid:82) (cid:7)(cid:50)(cid:83)(cid:81)(cid:68)(cid:66)(cid:74)(cid:8)(cid:11) (cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:86)(cid:64)(cid:82) (cid:68)(cid:87)(cid:83)(cid:81)(cid:64)(cid:66)(cid:83)(cid:68)(cid:67) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71)
`the QIAamp Circulating Nucleic Acid kit (QIAGEN).
`(cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:48)(cid:40)(cid:32)(cid:64)(cid:76)(cid:79) (cid:34)(cid:72)(cid:81)(cid:66)(cid:84)(cid:75)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:45)(cid:84)(cid:66)(cid:75)(cid:68)(cid:72)(cid:66) (cid:32)(cid:66)(cid:72)(cid:67) (cid:74)(cid:72)(cid:83) (cid:7)(cid:48)(cid:40)(cid:32)(cid:38)(cid:36)(cid:45)(cid:8)(cid:13)
`
`Nucleosomal DNA: Nucleosomal DNA was generated from cultured
`(cid:49)(cid:88)(cid:70)(cid:79)(cid:72)(cid:82)(cid:86)(cid:82)(cid:80)(cid:68)(cid:79) (cid:39)(cid:49)(cid:36)(cid:25) (cid:45)(cid:84)(cid:66)(cid:75)(cid:68)(cid:78)(cid:82)(cid:78)(cid:76)(cid:64)(cid:75) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:86)(cid:64)(cid:82) (cid:70)(cid:68)(cid:77)(cid:68)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:67) (cid:69)(cid:81)(cid:78)(cid:76) (cid:66)(cid:84)(cid:75)(cid:83)(cid:84)(cid:81)(cid:68)(cid:67)
`human cells (n = 10), using the EZ Nucleosomal DNA Prep Kit (Zymo
`(cid:71)(cid:84)(cid:76)(cid:64)(cid:77) (cid:66)(cid:68)(cid:75)(cid:75)(cid:82) (cid:7)(cid:77) (cid:28) (cid:16)(cid:15)(cid:8)(cid:11) (cid:84)(cid:82)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:36)(cid:57) (cid:45)(cid:84)(cid:66)(cid:75)(cid:68)(cid:78)(cid:82)(cid:78)(cid:76)(cid:64)(cid:75) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:47)(cid:81)(cid:68)(cid:79) (cid:42)(cid:72)(cid:83) (cid:7)(cid:57)(cid:88)(cid:76)(cid:78)
`Research) following manufacturerinstructions with the modification of
`(cid:49)(cid:68)(cid:82)(cid:68)(cid:64)(cid:81)(cid:66)(cid:71)(cid:8) (cid:69)(cid:78)(cid:75)(cid:75)(cid:78)(cid:86)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:76)(cid:64)(cid:77)(cid:84)(cid:69)(cid:64)(cid:66)(cid:83)(cid:84)(cid:81)(cid:68)(cid:81) (cid:72)(cid:77)(cid:82)(cid:83)(cid:81)(cid:84)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)(cid:82) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:76)(cid:78)(cid:67)(cid:72)(cid:69)(cid:72)(cid:66)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:78)(cid:69)
`extending enzyme incubation times from 20 to 30 minutes with Atlantis
`(cid:68)(cid:87)(cid:83)(cid:68)(cid:77)(cid:67)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:68)(cid:77)(cid:89)(cid:88)(cid:76)(cid:68) (cid:72)(cid:77)(cid:66)(cid:84)(cid:65)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:83)(cid:72)(cid:76)(cid:68)(cid:82) (cid:69)(cid:81)(cid:78)(cid:76) (cid:17)(cid:15) (cid:83)(cid:78) (cid:18)(cid:15) (cid:76)(cid:72)(cid:77)(cid:84)(cid:83)(cid:68)(cid:82) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71) (cid:32)(cid:83)(cid:75)(cid:64)(cid:77)(cid:83)(cid:72)(cid:82)
`double-stranded DNase. Nuclei were isolated from one million cultured
`(cid:67)(cid:78)(cid:84)(cid:65)(cid:75)(cid:68)(cid:12)(cid:82)(cid:83)(cid:81)(cid:64)(cid:77)(cid:67)(cid:68)(cid:67) (cid:35)(cid:45)(cid:64)(cid:82)(cid:68)(cid:13) (cid:45)(cid:84)(cid:66)(cid:75)(cid:68)(cid:72) (cid:86)(cid:68)(cid:81)(cid:68) (cid:72)(cid:82)(cid:78)(cid:75)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:67) (cid:69)(cid:81)(cid:78)(cid:76) (cid:78)(cid:77)(cid:68) (cid:76)(cid:72)(cid:75)(cid:75)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:66)(cid:84)(cid:75)(cid:83)(cid:84)(cid:81)(cid:68)(cid:67)
`human cells and, following enzyme treatment, nucleosome-protected
`(cid:71)(cid:84)(cid:76)(cid:64)(cid:77) (cid:66)(cid:68)(cid:75)(cid:75)(cid:82) (cid:64)(cid:77)(cid:67)(cid:11) (cid:69)(cid:78)(cid:75)(cid:75)(cid:78)(cid:86)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:68)(cid:77)(cid:89)(cid:88)(cid:76)(cid:68) (cid:83)(cid:81)(cid:68)(cid:64)(cid:83)(cid:76)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:11) (cid:77)(cid:84)(cid:66)(cid:75)(cid:68)(cid:78)(cid:82)(cid:78)(cid:76)(cid:68)(cid:12)(cid:79)(cid:81)(cid:78)(cid:83)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:68)(cid:67)
`DNA was column purified. Approximately 1 pg of nucleosomal DNA
`(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:86)(cid:64)(cid:82) (cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:84)(cid:76)(cid:77) (cid:79)(cid:84)(cid:81)(cid:72)(cid:69)(cid:72)(cid:68)(cid:67)(cid:13) (cid:32)(cid:79)(cid:79)(cid:81)(cid:78)(cid:87)(cid:72)(cid:76)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:75)(cid:88) (cid:16) (cid:167)(cid:70) (cid:78)(cid:69) (cid:77)(cid:84)(cid:66)(cid:75)(cid:68)(cid:78)(cid:82)(cid:78)(cid:76)(cid:64)(cid:75) (cid:35)(cid:45)(cid:32)
`was typically obtained from one million cells, although yield may vary
`(cid:86)(cid:64)(cid:82) (cid:83)(cid:88)(cid:79)(cid:72)(cid:66)(cid:64)(cid:75)(cid:75)(cid:88) (cid:78)(cid:65)(cid:83)(cid:64)(cid:72)(cid:77)(cid:68)(cid:67) (cid:69)(cid:81)(cid:78)(cid:76) (cid:78)(cid:77)(cid:68) (cid:76)(cid:72)(cid:75)(cid:75)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:66)(cid:68)(cid:75)(cid:75)(cid:82)(cid:11) (cid:64)(cid:75)(cid:83)(cid:71)(cid:78)(cid:84)(cid:70)(cid:71) (cid:88)(cid:72)(cid:68)(cid:75)(cid:67) (cid:76)(cid:64)(cid:88) (cid:85)(cid:64)(cid:81)(cid:88)
`between cell lines.
`(cid:65)(cid:68)(cid:83)(cid:86)(cid:68)(cid:68)(cid:77) (cid:66)(cid:68)(cid:75)(cid:75) (cid:75)(cid:72)(cid:77)(cid:68)(cid:82)(cid:13)
`
`Digested gDNA: gDNA samples (n = 7) were digested using NEBNext
`(cid:39)(cid:76)(cid:74)(cid:72)(cid:86)(cid:87)(cid:72)(cid:71) (cid:74)(cid:39)(cid:49)(cid:36)(cid:25) (cid:70)(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:82)(cid:64)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:68)(cid:82) (cid:7)(cid:77) (cid:28) (cid:22)(cid:8) (cid:86)(cid:68)(cid:81)(cid:68) (cid:67)(cid:72)(cid:70)(cid:68)(cid:82)(cid:83)(cid:68)(cid:67) (cid:84)(cid:82)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:45)(cid:36)(cid:33)(cid:45)(cid:68)(cid:87)(cid:83)
`dsDNA Fragmentase (New England Biolabs). One pl of fragmentase
`(cid:67)(cid:82)(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:37)(cid:81)(cid:64)(cid:70)(cid:76)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:64)(cid:82)(cid:68) (cid:7)(cid:45)(cid:68)(cid:86) (cid:36)(cid:77)(cid:70)(cid:75)(cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:33)(cid:72)(cid:78)(cid:75)(cid:64)(cid:65)(cid:82)(cid:8)(cid:13) (cid:46)(cid:77)(cid:68) (cid:167)(cid:75) (cid:78)(cid:69) (cid:69)(cid:81)(cid:64)(cid:70)(cid:76)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:64)(cid:82)(cid:68)
`was used per1 pg gDNA. Dual bead-based size selection was
`(cid:86)(cid:64)(cid:82) (cid:84)(cid:82)(cid:68)(cid:67) (cid:79)(cid:68)(cid:81) (cid:16) (cid:167)(cid:70) (cid:70)(cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:13) (cid:35)(cid:84)(cid:64)(cid:75) (cid:65)(cid:68)(cid:64)(cid:67)(cid:12)(cid:65)(cid:64)(cid:82)(cid:68)(cid:67) (cid:82)(cid:72)(cid:89)(cid:68) (cid:82)(cid:68)(cid:75)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:86)(cid:64)(cid:82)
`performed with the Agencourt AMPure XP system (Beckman Coulter)
`(cid:79)(cid:68)(cid:81)(cid:69)(cid:78)(cid:81)(cid:76)(cid:68)(cid:67) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:32)(cid:70)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:78)(cid:84)(cid:81)(cid:83) (cid:32)(cid:44)(cid:47)(cid:84)(cid:81)(cid:68) (cid:55)(cid:47) (cid:82)(cid:88)(cid:82)(cid:83)(cid:68)(cid:76) (cid:7)(cid:33)(cid:68)(cid:66)(cid:74)(cid:76)(cid:64)(cid:77) (cid:34)(cid:78)(cid:84)(cid:75)(cid:83)(cid:68)(cid:81)(cid:8)
`(cid:84)(cid:82)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:64) (cid:16)× (cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:15)(cid:13)(cid:19)× (cid:65)(cid:68)(cid:64)(cid:67)(cid:25)(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78) (cid:69)(cid:78)(cid:81) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:69)(cid:72)(cid:81)(cid:82)(cid:83) (cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:82)(cid:68)(cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:67) (cid:82)(cid:68)(cid:75)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)(cid:11)
`using a 1x and 0.4x beadzDNA ratio for the first and second selection,
`respectively. About 5% of input DNA was recovered.
`(cid:81)(cid:68)(cid:82)(cid:79)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:85)(cid:68)(cid:75)(cid:88)(cid:13) (cid:32)(cid:65)(cid:78)(cid:84)(cid:83) (cid:20)(cid:4) (cid:78)(cid:69) (cid:72)(cid:77)(cid:79)(cid:84)(cid:83) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:86)(cid:64)(cid:82) (cid:81)(cid:68)(cid:66)(cid:78)(cid:85)(cid:68)(cid:81)(cid:68)(cid:67)(cid:13)
`
`Sheared gDNA: gDNA samples (n = 10) were mechanically sheared
`(cid:54)(cid:75)(cid:72)(cid:68)(cid:85)(cid:72)(cid:71) (cid:74)(cid:39)(cid:49)(cid:36)(cid:25) (cid:70)(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:82)(cid:64)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:68)(cid:82) (cid:7)(cid:77) (cid:28) (cid:16)(cid:15)(cid:8) (cid:86)(cid:68)(cid:81)(cid:68) (cid:76)(cid:68)(cid:66)(cid:71)(cid:64)(cid:77)(cid:72)(cid:66)(cid:64)(cid:75)(cid:75)(cid:88) (cid:82)(cid:71)(cid:68)(cid:64)(cid:81)(cid:68)(cid:67)
`using the M220 Focused-ultrasonicator(Covaris), and the sheared
`(cid:84)(cid:82)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:44)(cid:17)(cid:17)(cid:15) (cid:37)(cid:78)(cid:66)(cid:84)(cid:82)(cid:68)(cid:67)(cid:12)(cid:84)(cid:75)(cid:83)(cid:81)(cid:64)(cid:82)(cid:78)(cid:77)(cid:72)(cid:66)(cid:64)(cid:83)(cid:78)(cid:81) (cid:7)(cid:34)(cid:78)(cid:85)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:82)(cid:8)(cid:11) (cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:82)(cid:71)(cid:68)(cid:64)(cid:81)(cid:68)(cid:67)
`DNA was size-selected to 130—21 0 bp with a targeted peakat 170 bp
`(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:86)(cid:64)(cid:82) (cid:82)(cid:72)(cid:89)(cid:68)(cid:12)(cid:82)(cid:68)(cid:75)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:68)(cid:67) (cid:83)(cid:78) (cid:16)(cid:18)(cid:15)(cid:108)(cid:17)(cid:16)(cid:15) (cid:65)(cid:79) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71) (cid:64) (cid:83)(cid:64)(cid:81)(cid:70)(cid:68)(cid:83)(cid:68)(cid:67) (cid:79)(cid:68)(cid:64)(cid:74) (cid:64)(cid:83) (cid:16)(cid:22)(cid:15) (cid:65)(cid:79)
`using the BluePippin system (Sage Science). DNA was then purified
`(cid:84)(cid:82)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:33)(cid:75)(cid:84)(cid:68)(cid:47)(cid:72)(cid:79)(cid:79)(cid:72)(cid:77) (cid:82)(cid:88)(cid:82)(cid:83)(cid:68)(cid:76) (cid:7)(cid:50)(cid:64)(cid:70)(cid:68) (cid:50)(cid:66)(cid:72)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:8)(cid:13) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:86)(cid:64)(cid:82) (cid:83)(cid:71)(cid:68)(cid:77) (cid:79)(cid:84)(cid:81)(cid:72)(cid:69)(cid:72)(cid:68)(cid:67)
`
`using the Agencourt AMPure XP system (Beckman Coulter) as
`(cid:84)(cid:82)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:32)(cid:70)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:78)(cid:84)(cid:81)(cid:83) (cid:32)(cid:44)(cid:47)(cid:84)(cid:81)(cid:68) (cid:55)(cid:47) (cid:82)(cid:88)(cid:82)(cid:83)(cid:68)(cid:76) (cid:7)(cid:33)(cid:68)(cid:66)(cid:74)(cid:76)(cid:64)(cid:77) (cid:34)(cid:78)(cid:84)(cid:75)(cid:83)(cid:68)(cid:81)(cid:8) (cid:64)(cid:82)
`previously described. About 10% of input DNA was recovered.
`(cid:79)(cid:81)(cid:68)(cid:85)(cid:72)(cid:78)(cid:84)(cid:82)(cid:75)(cid:88) (cid:67)(cid:68)(cid:82)(cid:66)(cid:81)(cid:72)(cid:65)(cid:68)(cid:67)(cid:13) (cid:32)(cid:65)(cid:78)(cid:84)(cid:83) (cid:16)(cid:15)(cid:4) (cid:78)(cid:69) (cid:72)(cid:77)(cid:79)(cid:84)(cid:83) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:86)(cid:64)(cid:82) (cid:81)(cid:68)(cid:66)(cid:78)(cid:85)(cid:68)(cid:81)(cid:68)(cid:67)(cid:13)
`
`Quantification of chNA and chNA control materials
`(cid:52)(cid:88)(cid:68)(cid:81)(cid:87)(cid:76)(cid:73)(cid:76)(cid:70)(cid:68)(cid:87)(cid:76)(cid:82)(cid:81) (cid:82)(cid:73) (cid:70)(cid:73)(cid:39)(cid:49)(cid:36) (cid:68)(cid:81)(cid:71) (cid:70)(cid:73)(cid:39)(cid:49)(cid:36) (cid:70)(cid:82)(cid:81)(cid:87)(cid:85)(cid:82)(cid:79) (cid:80)(cid:68)(cid:87)(cid:72)(cid:85)(cid:76)(cid:68)(cid:79)(cid:86)
`The concentration and size distribution of all DNA samples were
`(cid:51)(cid:71)(cid:68) (cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:82)(cid:72)(cid:89)(cid:68) (cid:67)(cid:72)(cid:82)(cid:83)(cid:81)(cid:72)(cid:65)(cid:84)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:78)(cid:69) (cid:64)(cid:75)(cid:75) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:82)(cid:64)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:68)(cid:82) (cid:86)(cid:68)(cid:81)(cid:68)
`evaluated on a FragmentAnalyzer using the High Sensitivity Large
`(cid:68)(cid:85)(cid:64)(cid:75)(cid:84)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:67) (cid:78)(cid:77) (cid:64) (cid:37)(cid:81)(cid:64)(cid:70)(cid:76)(cid:68)(cid:77)(cid:83) (cid:32)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:88)(cid:89)(cid:68)(cid:81) (cid:84)(cid:82)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:39)(cid:72)(cid:70)(cid:71) (cid:50)(cid:68)(cid:77)(cid:82)(cid:72)(cid:83)(cid:72)(cid:85)(cid:72)(cid:83)(cid:88) (cid:43)(cid:64)(cid:81)(cid:70)(cid:68)
`Fragment Analysis Kit (Advanced Analytical). DNA concentration was
`(cid:37)(cid:81)(cid:64)(cid:70)(cid:76)(cid:68)(cid:77)(cid:83) (cid:32)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:88)(cid:82)(cid:72)(cid:82) (cid:42)(cid:72)(cid:83) (cid:7)(cid:32)(cid:67)(cid:85)(cid:64)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:67) (cid:32)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:88)(cid:83)(cid:72)(cid:66)(cid:64)(cid:75)(cid:8)(cid:13) (cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:368)(cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:86)(cid:64)(cid:82)
`measured using the 50—700 bp range to approximate the chNA-
`(cid:76)(cid:68)(cid:64)(cid:82)(cid:84)(cid:81)(cid:68)(cid:67) (cid:84)(cid:82)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:20)(cid:15)(cid:108)(cid:22)(cid:15)(cid:15) (cid:65)(cid:79) (cid:81)(cid:64)(cid:77)(cid:70)(cid:68) (cid:83)(cid:78) (cid:64)(cid:79)(cid:79)(cid:81)(cid:78)(cid:87)(cid:72)(cid:76)(cid:64)(cid:83)(cid:68) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:12)
`like fraction.
`(cid:75)(cid:72)(cid:74)(cid:68)(cid:368)(cid:69)(cid:81)(cid:64)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)(cid:13)
`
`Library preparation and sequencing
`(cid:47)(cid:76)(cid:69)(cid:85)(cid:68)(cid:85)(cid:92) (cid:83)(cid:85)(cid:72)(cid:83)(cid:68)(cid:85)(cid:68)(cid:87)(cid:76)(cid:82)(cid:81) (cid:68)(cid:81)(cid:71) (cid:86)(cid:72)(cid:84)(cid:88)(cid:72)(cid:81)(cid:70)(cid:76)(cid:81)(cid:74)
`ForchNA, nucleosomal DNA, and digested gDNA, 30 hg DNA were
`(cid:37)(cid:78)(cid:81) (cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:11) (cid:77)(cid:84)(cid:66)(cid:75)(cid:68)(cid:78)(cid:82)(cid:78)(cid:76)(cid:64)(cid:75) (cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:11) (cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:67)(cid:72)(cid:70)(cid:68)(cid:82)(cid:83)(cid:68)(cid:67) (cid:70)(cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:11) (cid:18)(cid:15) (cid:77)(cid:70) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:86)(cid:68)(cid:81)(cid:68)
`used for library preparation. Due to an observed lowerlibrary conversion
`(cid:84)(cid:82)(cid:68)(cid:67) (cid:69)(cid:78)(cid:81) (cid:75)(cid:72)(cid:65)(cid:81)(cid:64)(cid:81)(cid:88) (cid:79)(cid:81)(cid:68)(cid:79)(cid:64)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)(cid:13) (cid:35)(cid:84)(cid:68) (cid:83)(cid:78) (cid:64)(cid:77) (cid:78)(cid:65)(cid:82)(cid:68)(cid:81)(cid:85)(cid:68)(cid:67) (cid:75)(cid:78)(cid:86)(cid:68)(cid:81) (cid:75)(cid:72)(cid:65)(cid:81)(cid:64)(cid:81)(cid:88) (cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:85)(cid:68)(cid:81)(cid:82)(cid:72)(cid:78)(cid:77)
`rate, 75 ng were used forsheared DNA. Libraries were prepared
`(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:11) (cid:22)(cid:20) (cid:77)(cid:70) (cid:86)(cid:68)(cid:81)(cid:68) (cid:84)(cid:82)(cid:68)(cid:67) (cid:69)(cid:78)(cid:81) (cid:82)(cid:71)(cid:68)(cid:64)(cid:81)(cid:68)(cid:67) (cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:13) (cid:43)(cid:72)(cid:65)(cid:81)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:68)(cid:82) (cid:86)(cid:68)(cid:81)(cid:68) (cid:79)(cid:81)(cid:68)(cid:79)(cid:64)(cid:81)(cid:68)(cid:67)
`according to the reference guides forthe TruSight Oncology UMI
`(cid:64)(cid:66)(cid:66)(cid:78)(cid:81)(cid:67)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:78) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:81)(cid:68)(cid:69)(cid:68)(cid:81)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:68) (cid:70)(cid:84)(cid:72)(cid:67)(cid:68)(cid:82) (cid:69)(cid:78)(cid:81) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:51)(cid:81)(cid:84)(cid:50)(cid:72)(cid:70)(cid:71)(cid:83) (cid:46)(cid:77)(cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:78)(cid:70)(cid:88) (cid:52)(cid:44)(cid:40)
`Reagents3 and TruSight Tumor 1 704 following the DNA workflow only.
`(cid:49)(cid:68)(cid:64)(cid:70)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:82)(cid:18) (cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:51)(cid:81)(cid:84)(cid:50)(cid:72)(cid:70)(cid:71)(cid:83) (cid:51)(cid:84)(cid:76)(cid:78)(cid:81) (cid:16)(cid:22)(cid:15)(cid:19) (cid:69)(cid:78)(cid:75)(cid:75)(cid:78)(cid:86)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:86)(cid:78)(cid:81)(cid:74)(cid:69)(cid:75)(cid:78)(cid:86) (cid:78)(cid:77)(cid:75)(cid:88)(cid:13)
`Libraries were sequenced on the HiSeqTM 4000 System with eight
`(cid:43)(cid:72)(cid:65)(cid:81)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:68)(cid:82) (cid:86)(cid:68)(cid:81)(cid:68) (cid:82)(cid:68)(cid:80)(cid:84)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:67) (cid:78)(cid:77) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:39)(cid:72)(cid:50)(cid:68)(cid:80)(cid:165) (cid:19)(cid:15)(cid:15)(cid:15) (cid:50)(cid:88)(cid:82)(cid:83)(cid:68)(cid:76) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71) (cid:68)(cid:72)(cid:70)(cid:71)(cid:83)
`(cid:76)(cid:84)(cid:75)(cid:83)(cid:72)(cid:79)(cid:75)(cid:68)(cid:87)(cid:68)(cid:67) (cid:75)(cid:72)(cid:65)(cid:81)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:68)(cid:82) (cid:79)(cid:68)(cid:81) (cid:69)(cid:75)(cid:78)(cid:86) (cid:66)(cid:68)(cid:75)(cid:75)(cid:11) (cid:81)(cid:68)(cid:82)(cid:84)(cid:75)(cid:83)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:72)(cid:77) (cid:93)(cid:19)(cid:15)(cid:11)(cid:15)(cid:15)(cid:15)× (cid:81)(cid:64)(cid:86) (cid:66)(cid:78)(cid:85)(cid:68)(cid:81)(cid:64)(cid:70)(cid:68)
`multiplexed libraries perflow cell, resulting in ~40,000x raw coverage
`persample.
`(cid:79)(cid:68)(cid:81) (cid:82)(cid:64)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:68)(cid:13)
`
`Data analysis
`(cid:39)(cid:68)(cid:87)(cid:68) (cid:68)(cid:81)(cid:68)(cid:79)(cid:92)(cid:86)(cid:76)(cid:86)
`Sequencing data were analyzed using an lllumina proprietary pipeline
`(cid:50)(cid:68)(cid:80)(cid:84)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:67)(cid:64)(cid:83)(cid:64) (cid:86)(cid:68)(cid:81)(cid:68) (cid:64)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:88)(cid:89)(cid:68)(cid:67) (cid:84)(cid:82)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:64)(cid:77) (cid:40)(cid:75)(cid:75)(cid:84)(cid:76)(cid:72)(cid:77)(cid:64) (cid:79)(cid:81)(cid:78)(cid:79)(cid:81)(cid:72)(cid:68)(cid:83)(cid:64)(cid:81)(cid:88) (cid:79)(cid:72)(cid:79)(cid:68)(cid:75)(cid:72)(cid:77)(cid:68)
`forerror suppression. Using unique molecular identifiers (UMls),5 PCR
`(cid:69)(cid:78)(cid:81) (cid:68)(cid:81)(cid:81)(cid:78)(cid:81) (cid:82)(cid:84)(cid:79)(cid:79)(cid:81)(cid:68)(cid:82)(cid:82)(cid:72)(cid:78)(cid:77)(cid:13) (cid:52)(cid:82)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:84)(cid:77)(cid:72)(cid:80)(cid:84)(cid:68) (cid:76)(cid:78)(cid:75)(cid:68)(cid:66)(cid:84)(cid:75)(cid:64)(cid:81) (cid:72)(cid:67)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:72)(cid:69)(cid:72)(cid:68)(cid:81)(cid:82) (cid:7)(cid:52)(cid:44)(cid:40)(cid:82)(cid:8)(cid:11)(cid:20) (cid:47)(cid:34)(cid:49)
`duplicates from the same DNA template were identified as families. To
`(cid:67)(cid:84)(cid:79)(cid:75)(cid:72)(cid:66)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:82) (cid:69)(cid:81)(cid:78)(cid:76) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:82)(cid:64)(cid:76)(cid:68) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:83)(cid:68)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:64)(cid:83)(cid:68) (cid:86)(cid:68)(cid:81)(cid:68) (cid:72)(cid:67)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:72)(cid:69)(cid:72)(cid:68)(cid:67) (cid:64)(cid:82) (cid:69)(cid:64)(cid:76)(cid:72)(cid:75)(cid:72)(cid:68)(cid:82)(cid:13) (cid:51)(cid:78)
`prevent overcounting, median target coverage (MTC) is calculated
`(cid:79)(cid:81)(cid:68)(cid:85)(cid:68)(cid:77)(cid:83) (cid:78)(cid:85)(cid:68)(cid:81)(cid:66)(cid:78)(cid:84)(cid:77)(cid:83)(cid:72)(cid:77)(cid:70)(cid:11) (cid:76)(cid:68)(cid:67)(cid:72)(cid:64)(cid:77) (cid:83)(cid:64)(cid:81)(cid:70)(cid:68)(cid:83) (cid:66)(cid:78)(cid:85)(cid:68)(cid:81)(cid:64)(cid:70)(cid:68) (cid:7)(cid:44)(cid:51)(cid:34)(cid:8) (cid:72)(cid:82) (cid:66)(cid:64)(cid:75)(cid:66)(cid:84)(cid:75)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:67)
`based on numberof fragments spanning the target region instead of
`(cid:65)(cid:64)(cid:82)(cid:68)(cid:67) (cid:78)(cid:77) (cid:77)(cid:84)(cid:76)(cid:65)(cid:68)(cid:81) (cid:78)(cid:69) (cid:69)(cid:81)(cid:64)(cid:70)(cid:76)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:82) (cid:82)(cid:79)(cid:64)(cid:77)(cid:77)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:83)(cid:64)(cid:81)(cid:70)(cid:68)(cid:83) (cid:81)(cid:68)(cid:70)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:72)(cid:77)(cid:82)(cid:83)(cid:68)(cid:64)(cid:67) (cid:78)(cid:69)
`numberof reads. To calculate error rate, positions with nonreference
`(cid:77)(cid:84)(cid:76)(cid:65)(cid:68)(cid:81) (cid:78)(cid:69) (cid:81)(cid:68)(cid:64)(cid:67)(cid:82)(cid:13) (cid:51)(cid:78) (cid:66)(cid:
Accessing this document will incur an additional charge of $.
After purchase, you can access this document again without charge.
Accept $ Charge
Still Working On It
This document is taking longer than usual to download. This can happen if we need to contact the court directly to obtain the document and their servers are running slowly.
Give it another minute or two to complete, and then try the refresh button.
A few More Minutes ... Still Working
It can take up to 5 minutes for us to download a document if the court servers are running slowly.
Thank you for your continued patience.
This document could not be displayed.
We could not find this document within its docket. Please go back to the docket page and check the link. If that does not work, go back to the docket and refresh it to pull the newest information.
Your account does not support viewing this document.
You need a Paid Account to view this document. Click here to change your account type.
Your account does not support viewing this document.
Set your membership
status to view this document.
With a Docket Alarm membership, you'll
get a whole lot more, including:
- Up-to-date information for this case.
- Email alerts whenever there is an update.
- Full text search for other cases.
- Get email alerts whenever a new case matches your search.
One Moment Please
The filing “” is large (MB) and is being downloaded.
Please refresh this page in a few minutes to see if the filing has been downloaded. The filing will also be emailed to you when the download completes.
Your document is on its way!
If you do not receive the document in five minutes, contact support at support@docketalarm.com.
Sealed Document
We are unable to display this document, it may be under a court ordered seal.
If you have proper credentials to access the file, you may proceed directly to the court's system using your government issued username and password.
Access Government Site
