Case 1:20-cv-01644-RGA Document 1-56 Filed 12/03/20 Page 1 of 3 PageID #: 1349
`Case 1:20-cv-01644-RGA Document 1-56 Filed 12/03/20 Page 1 of 3 PageID #: 1349
`
`EXHIBIT 56
`
`EXHIBIT 56
`
`
`
`
`
`
`Case 1:20-cv-01644-RGA Document 1-56 Filed 12/03/20 Page 1 of 3 PageID #: 1349
`
`EXHIBIT 56
`
`EXHIBIT 56
`
`
`
`
`
`
`
`Case 1:20-cv-01644-RGA Document 1-56 Filed 12/03/20 Page 2 of 3 PageID #: 1350
`Case 1:20-cv-01644-RGA Document 1-56 Filed 12/03/20 Page 2 of 3_
`gelD #: 1350
`(cid:51)(cid:85)(cid:72)(cid:83)(cid:68)(cid:85)(cid:72) (cid:47)(cid:76)(cid:69)(cid:85)(cid:68)(cid:85)(cid:92)(cid:368)(cid:368)(cid:91)(cid:368)(cid:368)(cid:50)(cid:68)(cid:80)(cid:84)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:368)(cid:368)(cid:91)(cid:368)(cid:368)(cid:32)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:88)(cid:89)(cid:68) (cid:35)(cid:64)(cid:83)(cid:64)
`Prepare Library | Sequence | Analyze Data
`I umI na"‘
`
`(cid:55)(cid:85)(cid:88)(cid:54)(cid:76)(cid:74)(cid:75)(cid:87)(cid:289) (cid:50)(cid:81)(cid:70)(cid:82)(cid:79)(cid:82)(cid:74)(cid:92) (cid:56)(cid:48)(cid:44) (cid:53)(cid:72)(cid:68)(cid:74)(cid:72)(cid:81)(cid:87)(cid:86)
`TruSightT'V| Oncology UMI Reagents
`(cid:40)(cid:85)(cid:85)(cid:82)(cid:85) (cid:70)(cid:82)(cid:85)(cid:85)(cid:72)(cid:70)(cid:87)(cid:76)(cid:82)(cid:81) (cid:90)(cid:76)(cid:87)(cid:75) (cid:88)(cid:81)(cid:76)(cid:84)(cid:88)(cid:72) (cid:80)(cid:82)(cid:79)(cid:72)(cid:70)(cid:88)(cid:79)(cid:68)(cid:85) (cid:76)(cid:71)(cid:72)(cid:81)(cid:87)(cid:76)(cid:73)(cid:76)(cid:72)(cid:85)(cid:86) (cid:11)(cid:56)(cid:48)(cid:44)(cid:86)(cid:12) (cid:73)(cid:82)(cid:85) (cid:86)(cid:72)(cid:84)(cid:88)(cid:72)(cid:81)(cid:70)(cid:76)(cid:81)(cid:74) (cid:79)(cid:76)(cid:69)(cid:85)(cid:68)(cid:85)(cid:76)(cid:72)(cid:86)(cid:17)
`Error correction with unique molecular identifiers (UMls) for sequencing libraries.
`
`Without UMI
`
` 933.1
`
`.100
`
`Pasmon
`
`Wltll UMI
`
`."-| ..
`
`, n n:
`PUMIIUII
`
`ctDNA
`
`Figure 1: Background reduction facilitates accurate variant calling —To enable
`(cid:41)(cid:76)(cid:74)(cid:88)(cid:85)(cid:72)(cid:98)(cid:20)(cid:29) (cid:37)(cid:68)(cid:70)(cid:78)(cid:74)(cid:85)(cid:82)(cid:88)(cid:81)(cid:71) (cid:85)(cid:72)(cid:71)(cid:88)(cid:70)(cid:87)(cid:76)(cid:82)(cid:81) (cid:73)(cid:68)(cid:70)(cid:76)(cid:79)(cid:76)(cid:87)(cid:68)(cid:87)(cid:72)(cid:86) (cid:68)(cid:70)(cid:70)(cid:88)(cid:85)(cid:68)(cid:87)(cid:72) (cid:89)(cid:68)(cid:85)(cid:76)(cid:68)(cid:81)(cid:87) (cid:70)(cid:68)(cid:79)(cid:79)(cid:76)(cid:81)(cid:74)(cid:134)(cid:51)(cid:78) (cid:68)(cid:77)(cid:64)(cid:65)(cid:75)(cid:68)
`accurate detection of rare variants, UMls are integrated with error correction
`(cid:64)(cid:66)(cid:66)(cid:84)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:68) (cid:67)(cid:68)(cid:83)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:78)(cid:69) (cid:81)(cid:64)(cid:81)(cid:68) (cid:85)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:64)(cid:77)(cid:83)(cid:82)(cid:11) (cid:52)(cid:44)(cid:40)(cid:82) (cid:64)(cid:81)(cid:68) (cid:72)(cid:77)(cid:83)(cid:68)(cid:70)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:67) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71) (cid:68)(cid:81)(cid:81)(cid:78)(cid:81) (cid:66)(cid:78)(cid:81)(cid:81)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)
`soltware enabling true mutations to be distinguished from background noise. The
`(cid:82)(cid:78)(cid:69)(cid:83)(cid:86)(cid:64)(cid:81)(cid:68) (cid:68)(cid:77)(cid:64)(cid:65)(cid:75)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:81)(cid:84)(cid:68) (cid:76)(cid:84)(cid:83)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)(cid:82) (cid:83)(cid:78) (cid:65)(cid:68) (cid:67)(cid:72)(cid:82)(cid:83)(cid:72)(cid:77)(cid:70)(cid:84)(cid:72)(cid:82)(cid:71)(cid:68)(cid:67) (cid:69)(cid:81)(cid:78)(cid:76) (cid:65)(cid:64)(cid:66)(cid:74)(cid:70)(cid:81)(cid:78)(cid:84)(cid:77)(cid:67) (cid:77)(cid:78)(cid:72)(cid:82)(cid:68)(cid:13) (cid:51)(cid:71)(cid:68)
`bottom panel illustrates how, by removing inherent errors that result in false
`(cid:65)(cid:78)(cid:83)(cid:83)(cid:78)(cid:76) (cid:79)(cid:64)(cid:77)(cid:68)(cid:75) (cid:72)(cid:75)(cid:75)(cid:84)(cid:82)(cid:83)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:82) (cid:71)(cid:78)(cid:86)(cid:11) (cid:65)(cid:88) (cid:81)(cid:68)(cid:76)(cid:78)(cid:85)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:72)(cid:77)(cid:71)(cid:68)(cid:81)(cid:68)(cid:77)(cid:83) (cid:68)(cid:81)(cid:81)(cid:78)(cid:81)(cid:82) (cid:83)(cid:71)(cid:64)(cid:83) (cid:81)(cid:68)(cid:82)(cid:84)(cid:75)(cid:83) (cid:72)(cid:77) (cid:69)(cid:64)(cid:75)(cid:82)(cid:68)
`positives, the reobced error rate allows true mutations (red dots) to be better
`(cid:79)(cid:78)(cid:82)(cid:72)(cid:83)(cid:72)(cid:85)(cid:68)(cid:82)(cid:11) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:81)(cid:68)(cid:67)(cid:84)(cid:66)(cid:68)(cid:67) (cid:68)(cid:81)(cid:81)(cid:78)(cid:81) (cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:68) (cid:64)(cid:75)(cid:75)(cid:78)(cid:86)(cid:82) (cid:83)(cid:81)(cid:84)(cid:68) (cid:76)(cid:84)(cid:83)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)(cid:82) (cid:7)(cid:81)(cid:68)(cid:67) (cid:67)(cid:78)(cid:83)(cid:82)(cid:8) (cid:83)(cid:78) (cid:65)(cid:68) (cid:65)(cid:68)(cid:83)(cid:83)(cid:68)(cid:81)
`distinguished from background noise (grey dots)
`(cid:67)(cid:72)(cid:82)(cid:83)(cid:72)(cid:77)(cid:70)(cid:84)(cid:72)(cid:82)(cid:71)(cid:68)(cid:67) (cid:69)(cid:81)(cid:78)(cid:76) (cid:65)(cid:64)(cid:66)(cid:74)(cid:70)(cid:81)(cid:78)(cid:84)(cid:77)(cid:67) (cid:77)(cid:78)(cid:72)(cid:82)(cid:68) (cid:7)(cid:70)(cid:81)(cid:68)(cid:88) (cid:67)(cid:78)(cid:83)(cid:82)(cid:8)
`A. Library Preparation
`Y
`
`
`.
`
`‘
`
`End Repair and A-tailing
`
`Highlights
`(cid:43)(cid:76)(cid:74)(cid:75)(cid:79)(cid:76)(cid:74)(cid:75)(cid:87)(cid:86)
`0 Reduced error rate
`(cid:122) (cid:53)(cid:72)(cid:71)(cid:88)(cid:70)(cid:72)(cid:71) (cid:72)(cid:85)(cid:85)(cid:82)(cid:85) (cid:85)(cid:68)(cid:87)(cid:72)
`Enables the reduction of error rates down to 0.007% orlower
`(cid:36)(cid:77)(cid:64)(cid:65)(cid:75)(cid:68)(cid:82) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:81)(cid:68)(cid:67)(cid:84)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:78)(cid:69) (cid:68)(cid:81)(cid:81)(cid:78)(cid:81) (cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:82) (cid:67)(cid:78)(cid:86)(cid:77) (cid:83)(cid:78) (cid:15)(cid:13)(cid:15)(cid:15)(cid:22)(cid:4) (cid:78)(cid:81) (cid:75)(cid:78)(cid:86)(cid:68)(cid:81)
`0
`Integrated with TruSight Oncology DNA library prep and
`(cid:122) (cid:44)(cid:81)(cid:87)(cid:72)(cid:74)(cid:85)(cid:68)(cid:87)(cid:72)(cid:71) (cid:90)(cid:76)(cid:87)(cid:75) (cid:55)(cid:85)(cid:88)(cid:54)(cid:76)(cid:74)(cid:75)(cid:87) (cid:50)(cid:81)(cid:70)(cid:82)(cid:79)(cid:82)(cid:74)(cid:92) (cid:39)(cid:49)(cid:36) (cid:79)(cid:76)(cid:69)(cid:85)(cid:68)(cid:85)(cid:92) (cid:83)(cid:85)(cid:72)(cid:83) (cid:68)(cid:81)(cid:71)
`enrichment assay
`(cid:72)(cid:81)(cid:85)(cid:76)(cid:70)(cid:75)(cid:80)(cid:72)(cid:81)(cid:87) (cid:68)(cid:86)(cid:86)(cid:68)(cid:92)
`Allows creation of UMI-containing sequencing libraries with
`(cid:32)(cid:75)(cid:75)(cid:78)(cid:86)(cid:82) (cid:66)(cid:81)(cid:68)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:78)(cid:69) (cid:52)(cid:44)(cid:40)(cid:12)(cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:83)(cid:64)(cid:72)(cid:77)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:82)(cid:68)(cid:80)(cid:84)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:75)(cid:72)(cid:65)(cid:81)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:68)(cid:82) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71)
`the TruSightTumor170 DNA oligonucleotides (oligos) on cell-
`(cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:51)(cid:81)(cid:84)(cid:50)(cid:72)(cid:70)(cid:71)(cid:83) (cid:51)(cid:84)(cid:76)(cid:78)(cid:81) (cid:16)(cid:22)(cid:15) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:78)(cid:75)(cid:72)(cid:70)(cid:78)(cid:77)(cid:84)(cid:66)(cid:75)(cid:68)(cid:78)(cid:83)(cid:72)(cid:67)(cid:68)(cid:82) (cid:7)(cid:78)(cid:75)(cid:72)(cid:70)(cid:78)(cid:82)(cid:8)(cid:368)(cid:78)(cid:77) (cid:66)(cid:68)(cid:75)(cid:75)(cid:12)
`free DNA (chNA)
`(cid:69)(cid:81)(cid:68)(cid:68) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:7)(cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:8)
`0 Accessible analysis software
`(cid:122) (cid:36)(cid:70)(cid:70)(cid:72)(cid:86)(cid:86)(cid:76)(cid:69)(cid:79)(cid:72) (cid:68)(cid:81)(cid:68)(cid:79)(cid:92)(cid:86)(cid:76)(cid:86) (cid:86)(cid:82)(cid:73)(cid:87)(cid:90)(cid:68)(cid:85)(cid:72)
`Provides error correction software in BaseSpaceTM Sequence
`(cid:47)(cid:81)(cid:78)(cid:85)(cid:72)(cid:67)(cid:68)(cid:82) (cid:68)(cid:81)(cid:81)(cid:78)(cid:81) (cid:66)(cid:78)(cid:81)(cid:81)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:82)(cid:78)(cid:69)(cid:83)(cid:86)(cid:64)(cid:81)(cid:68) (cid:72)(cid:77) (cid:33)(cid:64)(cid:82)(cid:68)(cid:50)(cid:79)(cid:64)(cid:66)(cid:68)(cid:165) (cid:50)(cid:68)(cid:80)(cid:84)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:68)
`Hub orforlocal installation
`(cid:39)(cid:84)(cid:65) (cid:78)(cid:81) (cid:69)(cid:78)(cid:81) (cid:75)(cid:78)(cid:66)(cid:64)(cid:75) (cid:72)(cid:77)(cid:82)(cid:83)(cid:64)(cid:75)(cid:75)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)
`
`Introduction
`(cid:44)(cid:81)(cid:87)(cid:85)(cid:82)(cid:71)(cid:88)(cid:70)(cid:87)(cid:76)(cid:82)(cid:81)
`Next-generation sequencing (NGS) has enabled cancer researchers
`(cid:45)(cid:68)(cid:87)(cid:83)(cid:12)(cid:70)(cid:68)(cid:77)(cid:68)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:82)(cid:68)(cid:80)(cid:84)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:7)(cid:45)(cid:38)(cid:50)(cid:8) (cid:71)(cid:64)(cid:82) (cid:68)(cid:77)(cid:64)(cid:65)(cid:75)(cid:68)(cid:67) (cid:66)(cid:64)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:81) (cid:81)(cid:68)(cid:82)(cid:68)(cid:64)(cid:81)(cid:66)(cid:71)(cid:68)(cid:81)(cid:82)
`to assess numerous genes in a single assay. lllumina technology
`(cid:83)(cid:78) (cid:64)(cid:82)(cid:82)(cid:68)(cid:82)(cid:82) (cid:77)(cid:84)(cid:76)(cid:68)(cid:81)(cid:78)(cid:84)(cid:82) (cid:70)(cid:68)(cid:77)(cid:68)(cid:82) (cid:72)(cid:77) (cid:64) (cid:82)(cid:72)(cid:77)(cid:70)(cid:75)(cid:68) (cid:64)(cid:82)(cid:82)(cid:64)(cid:88)(cid:13) (cid:40)(cid:75)(cid:75)(cid:84)(cid:76)(cid:72)(cid:77)(cid:64) (cid:83)(cid:68)(cid:66)(cid:71)(cid:77)(cid:78)(cid:75)(cid:78)(cid:70)(cid:88)
`provides highly accurate sequencing data, yet any synthesis-based
`(cid:79)(cid:81)(cid:78)(cid:85)(cid:72)(cid:67)(cid:68)(cid:82) (cid:71)(cid:72)(cid:70)(cid:71)(cid:75)(cid:88) (cid:64)(cid:66)(cid:66)(cid:84)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:68) (cid:82)(cid:68)(cid:80)(cid:84)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:67)(cid:64)(cid:83)(cid:64)(cid:11) (cid:88)(cid:68)(cid:83) (cid:64)(cid:77)(cid:88) (cid:82)(cid:88)(cid:77)(cid:83)(cid:71)(cid:68)(cid:82)(cid:72)(cid:82)(cid:12)(cid:65)(cid:64)(cid:82)(cid:68)(cid:67)
`method involves inherent errors. Although the error rate is low enough
`(cid:76)(cid:68)(cid:83)(cid:71)(cid:78)(cid:67) (cid:72)(cid:77)(cid:85)(cid:78)(cid:75)(cid:85)(cid:68)(cid:82) (cid:72)(cid:77)(cid:71)(cid:68)(cid:81)(cid:68)(cid:77)(cid:83) (cid:68)(cid:81)(cid:81)(cid:78)(cid:81)(cid:82)(cid:13) (cid:32)(cid:75)(cid:83)(cid:71)(cid:78)(cid:84)(cid:70)(cid:71) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:68)(cid:81)(cid:81)(cid:78)(cid:81) (cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:68) (cid:72)(cid:82) (cid:75)(cid:78)(cid:86) (cid:68)(cid:77)(cid:78)(cid:84)(cid:70)(cid:71)
`(less than 0.5%) to successfully accomplish many NGS-based
`(cid:7)(cid:75)(cid:68)(cid:82)(cid:82) (cid:83)(cid:71)(cid:64)(cid:77) (cid:15)(cid:13)(cid:20)(cid:4)(cid:8) (cid:83)(cid:78) (cid:82)(cid:84)(cid:66)(cid:66)(cid:68)(cid:82)(cid:82)(cid:69)(cid:84)(cid:75)(cid:75)(cid:88) (cid:64)(cid:66)(cid:66)(cid:78)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:72)(cid:82)(cid:71) (cid:76)(cid:64)(cid:77)(cid:88) (cid:45)(cid:38)(cid:50)(cid:12)(cid:65)(cid:64)(cid:82)(cid:68)(cid:67)
`applications, new approaches that use noninvasive methods for
`(cid:64)(cid:79)(cid:79)(cid:75)(cid:72)(cid:66)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)(cid:82)(cid:11) (cid:77)(cid:68)(cid:86) (cid:64)(cid:79)(cid:79)(cid:81)(cid:78)(cid:64)(cid:66)(cid:71)(cid:68)(cid:82) (cid:83)(cid:71)(cid:64)(cid:83) (cid:84)(cid:82)(cid:68) (cid:77)(cid:78)(cid:77)(cid:72)(cid:77)(cid:85)(cid:64)(cid:82)(cid:72)(cid:85)(cid:68) (cid:76)(cid:68)(cid:83)(cid:71)(cid:78)(cid:67)(cid:82) (cid:69)(cid:78)(cid:81)
`sample collection may require a lowererror rate. Forexample,
`(cid:82)(cid:64)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:68) (cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:75)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:76)(cid:64)(cid:88) (cid:81)(cid:68)(cid:80)(cid:84)(cid:72)(cid:81)(cid:68) (cid:64) (cid:75)(cid:78)(cid:86)(cid:68)(cid:81) (cid:68)(cid:81)(cid:81)(cid:78)(cid:81) (cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:13) (cid:37)(cid:78)(cid:81) (cid:68)(cid:87)(cid:64)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:68)(cid:11)
`analysis of chNA can be used to detect somatic variants in blood
`(cid:64)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:88)(cid:82)(cid:72)(cid:82) (cid:78)(cid:69) (cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:66)(cid:64)(cid:77) (cid:65)(cid:68) (cid:84)(cid:82)(cid:68)(cid:67) (cid:83)(cid:78) (cid:67)(cid:68)(cid:83)(cid:68)(cid:66)(cid:83) (cid:82)(cid:78)(cid:76)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:66) (cid:85)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:64)(cid:77)(cid:83)(cid:82) (cid:72)(cid:77) (cid:65)(cid:75)(cid:78)(cid:78)(cid:67)
`without the need for biopsy; however, the low percentage of
`(cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71)(cid:78)(cid:84)(cid:83) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:77)(cid:68)(cid:68)(cid:67) (cid:69)(cid:78)(cid:81) (cid:65)(cid:72)(cid:78)(cid:79)(cid:82)(cid:88)(cid:26) (cid:71)(cid:78)(cid:86)(cid:68)(cid:85)(cid:68)(cid:81)(cid:11) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:75)(cid:78)(cid:86) (cid:79)(cid:68)(cid:81)(cid:66)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:64)(cid:70)(cid:68) (cid:78)(cid:69)
`circulating tumor DNA (ctDNA) within total chNA causes variant
`(cid:66)(cid:72)(cid:81)(cid:66)(cid:84)(cid:75)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:84)(cid:76)(cid:78)(cid:81) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:7)(cid:66)(cid:83)(cid:35)(cid:45)(cid:32)(cid:8) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71)(cid:72)(cid:77) (cid:83)(cid:78)(cid:83)(cid:64)(cid:75) (cid:66)(cid:69)(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:66)(cid:64)(cid:84)(cid:82)(cid:68)(cid:82) (cid:85)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:64)(cid:77)(cid:83)
`allele frequencies to exist nearthe limit of detection of
`(cid:64)(cid:75)(cid:75)(cid:68)(cid:75)(cid:68) (cid:69)(cid:81)(cid:68)(cid:80)(cid:84)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:72)(cid:68)(cid:82) (cid:83)(cid:78) (cid:68)(cid:87)(cid:72)(cid:82)(cid:83) (cid:77)(cid:68)(cid:64)(cid:81) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:75)(cid:72)(cid:76)(cid:72)(cid:83) (cid:78)(cid:69)(cid:368)(cid:67)(cid:68)(cid:83)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:78)(cid:69)
`existing methods.
`(cid:68)(cid:87)(cid:72)(cid:82)(cid:83)(cid:72)(cid:77)(cid:70)(cid:368)(cid:76)(cid:68)(cid:83)(cid:71)(cid:78)(cid:67)(cid:82)(cid:13)
`
`To address this challenge, lllumina offers the TruSight Oncology UMI
`(cid:51)(cid:78) (cid:64)(cid:67)(cid:67)(cid:81)(cid:68)(cid:82)(cid:82) (cid:83)(cid:71)(cid:72)(cid:82) (cid:66)(cid:71)(cid:64)(cid:75)(cid:75)(cid:68)(cid:77)(cid:70)(cid:68)(cid:11) (cid:40)(cid:75)(cid:75)(cid:84)(cid:76)(cid:72)(cid:77)(cid:64) (cid:78)(cid:69)(cid:69)(cid:68)(cid:81)(cid:82) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:51)(cid:81)(cid:84)(cid:50)(cid:72)(cid:70)(cid:71)(cid:83) (cid:46)(cid:77)(cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:78)(cid:70)(cid:88) (cid:52)(cid:44)(cid:40)
`Reagents, which implement UMls and errorcorrection software to
`(cid:49)(cid:68)(cid:64)(cid:70)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:82)(cid:11) (cid:86)(cid:71)(cid:72)(cid:66)(cid:71) (cid:72)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:68)(cid:76)(cid:68)(cid:77)(cid:83) (cid:52)(cid:44)(cid:40)(cid:82) (cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:68)(cid:81)(cid:81)(cid:78)(cid:81) (cid:66)(cid:78)(cid:81)(cid:81)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:82)(cid:78)(cid:69)(cid:83)(cid:86)(cid:64)(cid:81)(cid:68) (cid:83)(cid:78)
`lowerthe rate of inherenterrors in NGS data. The UMI reagents
`(cid:75)(cid:78)(cid:86)(cid:68)(cid:81) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:68) (cid:78)(cid:69) (cid:72)(cid:77)(cid:71)(cid:68)(cid:81)(cid:68)(cid:77)(cid:83) (cid:68)(cid:81)(cid:81)(cid:78)(cid:81)(cid:82) (cid:72)(cid:77) (cid:45)(cid:38)(cid:50)(cid:368)(cid:67)(cid:64)(cid:83)(cid:64)(cid:13) (cid:51)(cid:71)(cid:68) (cid:52)(cid:44)(cid:40) (cid:81)(cid:68)(cid:64)(cid:70)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:82)
`integrate easily with the TruSight Oncology workflow1 by simply
`(cid:72)(cid:77)(cid:83)(cid:68)(cid:70)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:68) (cid:68)(cid:64)(cid:82)(cid:72)(cid:75)(cid:88) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:51)(cid:81)(cid:84)(cid:50)(cid:72)(cid:70)(cid:71)(cid:83) (cid:46)(cid:77)(cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:78)(cid:70)(cid:88) (cid:86)(cid:78)(cid:81)(cid:74)(cid:69)(cid:75)(cid:78)(cid:86)(cid:16) (cid:65)(cid:88) (cid:82)(cid:72)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:88)
`replacing standard Y-shaped adapters with UMI-containing adapters
`(cid:81)(cid:68)(cid:79)(cid:75)(cid:64)(cid:66)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:82)(cid:83)(cid:64)(cid:77)(cid:67)(cid:64)(cid:81)(cid:67) (cid:56)(cid:12)(cid:82)(cid:71)(cid:64)(cid:79)(cid:68)(cid:67) (cid:64)(cid:67)(cid:64)(cid:79)(cid:83)(cid:68)(cid:81)(cid:82) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71) (cid:52)(cid:44)(cid:40)(cid:12)(cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:83)(cid:64)(cid:72)(cid:77)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:64)(cid:67)(cid:64)(cid:79)(cid:83)(cid:68)(cid:81)(cid:82)
`to barcode each individual DNA strand. Reducing the background
`(cid:83)(cid:78) (cid:65)(cid:64)(cid:81)(cid:66)(cid:78)(cid:67)(cid:68) (cid:68)(cid:64)(cid:66)(cid:71) (cid:72)(cid:77)(cid:67)(cid:72)(cid:85)(cid:72)(cid:67)(cid:84)(cid:64)(cid:75) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:82)(cid:83)(cid:81)(cid:64)(cid:77)(cid:67)(cid:13) (cid:49)(cid:68)(cid:67)(cid:84)(cid:66)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:65)(cid:64)(cid:66)(cid:74)(cid:70)(cid:81)(cid:78)(cid:84)(cid:77)(cid:67)
`noise leadsto a lowerlimit of detection (Figure 1). With the TruSight
`(cid:77)(cid:78)(cid:72)(cid:82)(cid:68) (cid:75)(cid:68)(cid:64)(cid:67)(cid:82) (cid:83)(cid:78) (cid:64) (cid:75)(cid:78)(cid:86)(cid:68)(cid:81) (cid:75)(cid:72)(cid:76)(cid:72)(cid:83) (cid:78)(cid:69) (cid:67)(cid:68)(cid:83)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:7)(cid:37)(cid:72)(cid:70)(cid:84)(cid:81)(cid:68) (cid:16)(cid:8)(cid:13) (cid:54)(cid:72)(cid:83)(cid:71) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:51)(cid:81)(cid:84)(cid:50)(cid:72)(cid:70)(cid:71)(cid:83)
`Tumor 1 70 DNA assay,2 the TruSight Oncology UMI Reagents
`(cid:51)(cid:84)(cid:76)(cid:78)(cid:81) (cid:16)(cid:22)(cid:15) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:64)(cid:82)(cid:82)(cid:64)(cid:88)(cid:11)(cid:17) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:51)(cid:81)(cid:84)(cid:50)(cid:72)(cid:70)(cid:71)(cid:83) (cid:46)(cid:77)(cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:78)(cid:70)(cid:88) (cid:52)(cid:44)(cid:40) (cid:49)(cid:68)(cid:64)(cid:70)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:82)
`reduced the error rate to 5 0.007% or lower. Lowererror rates
`(cid:81)(cid:68)(cid:67)(cid:84)(cid:66)(cid:68)(cid:67) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:68)(cid:81)(cid:81)(cid:78)(cid:81) (cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:68) (cid:83)(cid:78) (cid:173) (cid:15)(cid:13)(cid:15)(cid:15)(cid:22)(cid:4) (cid:78)(cid:81) (cid:75)(cid:78)(cid:86)(cid:68)(cid:81)(cid:13) (cid:43)(cid:78)(cid:86)(cid:68)(cid:81) (cid:68)(cid:81)(cid:81)(cid:78)(cid:81) (cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:82)
`increase analytical specificity, and the resulting higherconfidence in
`(cid:72)(cid:77)(cid:66)(cid:81)(cid:68)(cid:64)(cid:82)(cid:68) (cid:64)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:88)(cid:83)(cid:72)(cid:66)(cid:64)(cid:75) (cid:82)(cid:79)(cid:68)(cid:66)(cid:72)(cid:69)(cid:72)(cid:66)(cid:72)(cid:83)(cid:88)(cid:11) (cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:81)(cid:68)(cid:82)(cid:84)(cid:75)(cid:83)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:71)(cid:72)(cid:70)(cid:71)(cid:68)(cid:81) (cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:69)(cid:72)(cid:67)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:68) (cid:72)(cid:77)
`variant calls help put ctDNA analysis into the hands of translational
`(cid:85)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:64)(cid:77)(cid:83) (cid:66)(cid:64)(cid:75)(cid:75)(cid:82) (cid:71)(cid:68)(cid:75)(cid:79) (cid:79)(cid:84)(cid:83) (cid:66)(cid:83)(cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:64)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:88)(cid:82)(cid:72)(cid:82) (cid:72)(cid:77)(cid:83)(cid:78) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:71)(cid:64)(cid:77)(cid:67)(cid:82) (cid:78)(cid:69) (cid:83)(cid:81)(cid:64)(cid:77)(cid:82)(cid:75)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)(cid:64)(cid:75)
`cancer researchers.
`(cid:66)(cid:64)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:81)(cid:368)(cid:81)(cid:68)(cid:82)(cid:68)(cid:64)(cid:81)(cid:66)(cid:71)(cid:68)(cid:81)(cid:82)(cid:13)
`
`(cid:54)(cid:76)(cid:80)(cid:83)(cid:79)(cid:72) (cid:76)(cid:81)(cid:87)(cid:72)(cid:74)(cid:85)(cid:68)(cid:87)(cid:76)(cid:82)(cid:81) (cid:76)(cid:81)(cid:87)(cid:82) (cid:87)(cid:75)(cid:72) (cid:55)(cid:85)(cid:88)(cid:54)(cid:76)(cid:74)(cid:75)(cid:87)
`Simple integration into the TruSight
`(cid:50)(cid:81)(cid:70)(cid:82)(cid:79)(cid:82)(cid:74)(cid:92)(cid:98)(cid:90)(cid:82)(cid:85)(cid:78)(cid:73)(cid:79)(cid:82)(cid:90)
`Oncology workflow
`The TruSight Oncology UMI Reagents provide UMI-adapters and
`(cid:51)(cid:71)(cid:68) (cid:51)(cid:81)(cid:84)(cid:50)(cid:72)(cid:70)(cid:71)(cid:83) (cid:46)(cid:77)(cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:78)(cid:70)(cid:88) (cid:52)(cid:44)(cid:40) (cid:49)(cid:68)(cid:64)(cid:70)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:82) (cid:79)(cid:81)(cid:78)(cid:85)(cid:72)(cid:67)(cid:68) (cid:52)(cid:44)(cid:40)(cid:12)(cid:64)(cid:67)(cid:64)(cid:79)(cid:83)(cid:68)(cid:81)(cid:82) (cid:64)(cid:77)(cid:67)
`indexes, plus TruSight Oncology DNA library prep and enrichment
`(cid:72)(cid:77)(cid:67)(cid:68)(cid:87)(cid:68)(cid:82)(cid:11) (cid:79)(cid:75)(cid:84)(cid:82) (cid:51)(cid:81)(cid:84)(cid:50)(cid:72)(cid:70)(cid:71)(cid:83) (cid:46)(cid:77)(cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:78)(cid:70)(cid:88) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:75)(cid:72)(cid:65)(cid:81)(cid:64)(cid:81)(cid:88) (cid:79)(cid:81)(cid:68)(cid:79) (cid:64)(cid:77)(cid:67) (cid:68)(cid:77)(cid:81)(cid:72)(cid:66)(cid:71)(cid:76)(cid:68)(cid:77)(cid:83)
`reagents, that can be paired with the TruSight Tumor 1 70 DNA oligos
`(cid:81)(cid:68)(cid:64)(cid:70)(cid:68)(cid:77)(cid:83)(cid:82)(cid:11) (cid:83)(cid:71)(cid:64)(cid:83) (cid:66)(cid:64)(cid:77) (cid:65)(cid:68) (cid:79)(cid:64)(cid:72)(cid:81)(cid:68)(cid:67) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:51)(cid:81)(cid:84)(cid:50)(cid:72)(cid:70)(cid:71)(cid:83) (cid:51)(cid:84)(cid:76)(cid:78)(cid:81) (cid:16)(cid:22)(cid:15) (cid:35)(cid:45)(cid:32) (cid:78)(cid:75)(cid:72)(cid:70)(cid:78)(cid:82)
`to create UMI-containing sequencing libraries. By replacing the
`(cid:83)(cid:78) (cid:66)(cid:81)(cid:68)(cid:64)(cid:83)(cid:68) (cid:52)(cid:44)(cid:40)(cid:12)(cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:83)(cid:64)(cid:72)(cid:77)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:82)(cid:68)(cid:80)(cid:84)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:75)(cid:72)(cid:65)(cid:81)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:68)(cid:82)(cid:13) (cid:33)(cid:88) (cid:81)(cid:68)(cid:79)(cid:75)(cid:64)(cid:66)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:71)(cid:68)
`standard adapters with the UMI-containing adapters during the
`(cid:82)(cid:83)(cid:64)(cid:77)(cid:67)(cid:64)(cid:81)(cid:67) (cid:64)(cid:67)(cid:64)(cid:79)(cid:83)(cid:68)(cid:81)(cid:82) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:52)(cid:44)(cid:40)(cid:12)(cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:83)(cid:64)(cid:72)(cid:77)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:64)(cid:67)(cid:64)(cid:79)(cid:83)(cid:68)(cid:81)(cid:82) (cid:67)(cid:84)(cid:81)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:71)(cid:68)
`ligation step, integration of UMls does not create any extra steps in the
`(cid:75)(cid:72)(cid:70)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:82)(cid:83)(cid:68)(cid:79)(cid:11) (cid:72)(cid:77)(cid:83)(cid:68)(cid:70)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:78)(cid:69) (cid:52)(cid:44)(cid:40)(cid:82) (cid:67)(cid:78)(cid:68)(cid:82) (cid:77)(cid:78)(cid:83) (cid:66)(cid:81)(cid:68)(cid:64)(cid:83)(cid:68) (cid:64)(cid:77)(cid:88) (cid:68)(cid:87)(cid:83)(cid:81)(cid:64) (cid:82)(cid:83)(cid:68)(cid:79)(cid:82) (cid:72)(cid:77) (cid:83)(cid:71)(cid:68)
`library prep workflow (Figure 2).
`(cid:75)(cid:72)(cid:65)(cid:81)(cid:64)(cid:81)(cid:88) (cid:79)(cid:81)(cid:68)(cid:79) (cid:86)(cid:78)(cid:81)(cid:74)(cid:69)(cid:75)(cid:78)(cid:86) (cid:7)(cid:37)(cid:72)(cid:70)(cid:84)(cid:81)(cid:68) (cid:17)(cid:8)(cid:13)
`
`Y
`
`
`
`Y
`
`n—unu
`_""'
`
`a
`
`==
`
`A
`
`um _ UMI-containing
`"1"" _ adapter ligation
`f IrIU'Jx
`finl = Index PER
`
`Illllfix I
`_ mm .— uu
`— Inco- _ um
`
`v
`
`7
`
`our _ w.» _ UMI-containing
`um _. «an. _ library
`
`B. Target Enrichment
`T
`
`C. Sequencing
`Y
`
`D. Analysis with UMI—based Error Correction Software
`
`Figure 2: Target capture library prep wo rkflow— UMls can be integrated into
`(cid:41)(cid:76)(cid:74)(cid:88)(cid:85)(cid:72)(cid:98)(cid:21)(cid:29) (cid:55)(cid:68)(cid:85)(cid:74)(cid:72)(cid:87) (cid:70)(cid:68)(cid:83)(cid:87)(cid:88)(cid:85)(cid:72) (cid:79)(cid:76)(cid:69)(cid:85)(cid:68)(cid:85)(cid:92) (cid:83)(cid:85)(cid:72)(cid:83) (cid:90)(cid:82)(cid:85)(cid:78)(cid:73)(cid:79)(cid:82)(cid:90)(cid:134)(cid:52)(cid:44)(cid:40)(cid:82) (cid:66)(cid:64)(cid:77) (cid:65)(cid:68) (cid:72)(cid:77)(cid:83)(cid:68)(cid:70)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:68)(cid:67) (cid:72)(cid:77)(cid:83)(cid:78)
`TruSight Oncolong—adapter ligation without interrupting the standard workflow.
`(cid:51)(cid:81)(cid:84)(cid:50)(cid:72)(cid:70)(cid:71)(cid:83) (cid:46)(cid:77)(cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:78)(cid:70)(cid:88) (cid:56)(cid:12)(cid:64)(cid:67)(cid:64)(cid:79)(cid:83)(cid:68)(cid:81) (cid:75)(cid:72)(cid:70)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71)(cid:78)(cid:84)(cid:83) (cid:72)(cid:77)(cid:83)(cid:68)(cid:81)(cid:81)(cid:84)(cid:79)(cid:83)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:82)(cid:83)(cid:64)(cid:77)(cid:67)(cid:64)(cid:81)(cid:67) (cid:86)(cid:78)(cid:81)(cid:74)(cid:69)(cid:75)(cid:78)(cid:86)(cid:13)
`During library preparation, the aobpters from the original library prep kit are simply
`(cid:35)(cid:84)(cid:81)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:75)(cid:72)(cid:65)(cid:81)(cid:64)(cid:81)(cid:88) (cid:79)(cid:81)(cid:68)(cid:79)(cid:64)(cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)(cid:11) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:64)(cid:67)(cid:64)(cid:79)(cid:83)(cid:68)(cid:81)(cid:82) (cid:69)(cid:81)(cid:78)(cid:76) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:78)(cid:81)(cid:72)(cid:70)(cid:72)(cid:77)(cid:64)(cid:75) (cid:75)(cid:72)(cid:65)(cid:81)(cid:64)(cid:81)(cid:88) (cid:79)(cid:81)(cid:68)(cid:79) (cid:74)(cid:72)(cid:83) (cid:64)(cid:81)(cid:68) (cid:82)(cid:72)(cid:76)(cid:79)(cid:75)(cid:88)
`replaced by the UMI aobpters
`(cid:81)(cid:68)(cid:79)(cid:75)(cid:64)(cid:66)(cid:68)(cid:67) (cid:65)(cid:88) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:52)(cid:44)(cid:40) (cid:64)(cid:67)(cid:64)(cid:79)(cid:83)(cid:68)(cid:81)(cid:82)(cid:13)
`
`For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
`(cid:41)(cid:82)(cid:85) (cid:53)(cid:72)(cid:86)(cid:72)(cid:68)(cid:85)(cid:70)(cid:75) (cid:56)(cid:86)(cid:72) (cid:50)(cid:81)(cid:79)(cid:92)(cid:17) (cid:49)(cid:82)(cid:87) (cid:73)(cid:82)(cid:85) (cid:88)(cid:86)(cid:72) (cid:76)(cid:81) (cid:71)(cid:76)(cid:68)(cid:74)(cid:81)(cid:82)(cid:86)(cid:87)(cid:76)(cid:70) (cid:83)(cid:85)(cid:82)(cid:70)(cid:72)(cid:71)(cid:88)(cid:85)(cid:72)(cid:86)(cid:17)
`
`1000000050425 VOO |
`1
`(cid:16)(cid:15)(cid:15)(cid:15)(cid:15)(cid:15)(cid:15)(cid:15)(cid:20)(cid:15)(cid:19)(cid:17)(cid:20) (cid:85)(cid:15)(cid:15) (cid:368)(cid:91)(cid:368)(cid:368)(cid:16)
`
`
`
`Case 1:20-cv-01644-RGA Document 1-56 Filed 12/03/20 Page 3 of 3 PageID #: 1351
`Case 1:20-cv-01644-RGA Document 1-56 Filed 12/03/20 Page 3 of 3 PagelD #: 1351
`(cid:51)(cid:85)(cid:72)(cid:83)(cid:68)(cid:85)(cid:72) (cid:47)(cid:76)(cid:69)(cid:85)(cid:68)(cid:85)(cid:92)(cid:368)(cid:368)(cid:91)(cid:368)(cid:368)(cid:50)(cid:68)(cid:80)(cid:84)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:368)(cid:368)(cid:91)(cid:368)(cid:368)(cid:32)(cid:77)(cid:64)(cid:75)(cid:88)(cid:89)(cid:68) (cid:35)(cid:64)(cid:83)(cid:64)
`Prepare Library | Sequence | Analyze Data
`
`Intuitive software for error correction
`(cid:44)(cid:81)(cid:87)(cid:88)(cid:76)(cid:87)(cid:76)(cid:89)(cid:72) (cid:86)(cid:82)(cid:73)(cid:87)(cid:90)(cid:68)(cid:85)(cid:72) (cid:73)(cid:82)(cid:85) (cid:72)(cid:85)(cid:85)(cid:82)(cid:85) (cid:70)(cid:82)(cid:85)(cid:85)(cid:72)(cid:70)(cid:87)(cid:76)(cid:82)(cid:81)
`After UMI-containing libraries are sequenced, the UMI Error
`(cid:32)(cid:69)(cid:83)(cid:68)(cid:81) (cid:52)(cid:44)(cid:40)(cid:12)(cid:66)(cid:78)(cid:77)(cid:83)(cid:64)(cid:72)(cid:77)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:75)(cid:72)(cid:65)(cid:81)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:68)(cid:82) (cid:64)(cid:81)(cid:68) (cid:82)(cid:68)(cid:80)(cid:84)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:67)(cid:11) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:52)(cid:44)(cid:40) (cid:36)(cid:81)(cid:81)(cid:78)(cid:81)
`Correction App aligns reads, then collapses the sequences with
`(cid:34)(cid:78)(cid:81)(cid:81)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:32)(cid:79)(cid:79) (cid:64)(cid:75)(cid:72)(cid:70)(cid:77)(cid:82) (cid:81)(cid:68)(cid:64)(cid:67)(cid:82)(cid:11) (cid:83)(cid:71)(cid:68)(cid:77) (cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:75)(cid:64)(cid:79)(cid:82)(cid:68)(cid:82) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:82)(cid:68)(cid:80)(cid:84)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:68)(cid:82) (cid:86)(cid:72)(cid:83)(cid:71)
`shared UMls down to unique reads (Figure 3). This process enables
`(cid:82)(cid:71)(cid:64)(cid:81)(cid:68)(cid:67) (cid:52)(cid:44)(cid:40)(cid:82) (cid:67)(cid:78)(cid:86)(cid:77) (cid:83)(cid:78) (cid:84)(cid:77)(cid:72)(cid:80)(cid:84)(cid:68) (cid:81)(cid:68)(cid:64)(cid:67)(cid:82) (cid:7)(cid:37)(cid:72)(cid:70)(cid:84)(cid:81)(cid:68) (cid:18)(cid:8)(cid:13) (cid:51)(cid:71)(cid:72)(cid:82) (cid:79)(cid:81)(cid:78)(cid:66)(cid:68)(cid:82)(cid:82) (cid:68)(cid:77)(cid:64)(cid:65)(cid:75)(cid:68)(cid:82)
`the filtering of false positives, which are excluded from the collapsed
`(cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:69)(cid:72)(cid:75)(cid:83)(cid:68)(cid:81)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:78)(cid:69) (cid:69)(cid:64)(cid:75)(cid:82)(cid:68) (cid:79)(cid:78)(cid:82)(cid:72)(cid:83)(cid:72)(cid:85)(cid:68)(cid:82)(cid:11) (cid:86)(cid:71)(cid:72)(cid:66)(cid:71) (cid:64)(cid:81)(cid:68) (cid:68)(cid:87)(cid:66)(cid:75)(cid:84)(cid:67)(cid:68)(cid:67) (cid:69)(cid:81)(cid:78)(cid:76) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:66)(cid:78)(cid:75)(cid:75)(cid:64)(cid:79)(cid:82)(cid:68)(cid:67)
`reads, reducing the error rate for variant calling (Table 1). The UMI
`(cid:81)(cid:68)(cid:64)(cid:67)(cid:82)(cid:11) (cid:81)(cid:68)(cid:67)(cid:84)(cid:66)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:68)(cid:81)(cid:81)(cid:78)(cid:81) (cid:81)(cid:64)(cid:83)(cid:68) (cid:69)(cid:78)(cid:81) (cid:85)(cid:64)(cid:81)(cid:72)(cid:64)(cid:77)(cid:83) (cid:66)(cid:64)(cid:75)(cid:75)(cid:72)(cid:77)(cid:70) (cid:7)(cid:51)(cid:64)(cid:65)(cid:75)(cid:68) (cid:16)(cid:8)(cid:13) (cid:51)(cid:71)(cid:68) (cid:52)(cid:44)(cid:40)
`Error Correction App is available in the cloud-based BaseSpace
`(cid:36)(cid:81)(cid:81)(cid:78)(cid:81) (cid:34)(cid:78)(cid:81)(cid:81)(cid:68)(cid:66)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:32)(cid:79)(cid:79) (cid:72)(cid:82) (cid:64)(cid:85)(cid:64)(cid:72)(cid:75)(cid:64)(cid:65)(cid:75)(cid:68) (cid:72)(cid:77) (cid:83)(cid:71)(cid:68) (cid:66)(cid:75)(cid:78)(cid:84)(cid:67)(cid:12)(cid:65)(cid:64)(cid:82)(cid:68)(cid:67) (cid:33)(cid:64)(cid:82)(cid:68)(cid:50)(cid:79)(cid:64)(cid:66)(cid:68)
`Sequence Hub, or for installation on a local workstation.
`(cid:50)(cid:68)(cid:80)(cid:84)(cid:68)(cid:77)(cid:66)(cid:68) (cid:39)(cid:84)(cid:65)(cid:11) (cid:78)(cid:81) (cid:69)(cid:78)(cid:81) (cid:72)(cid:77)(cid:82)(cid:83)(cid:64)(cid:75)(cid:75)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77) (cid:78)(cid:77) (cid:64) (cid:75)(cid:78)(cid:66)(cid:64)(cid:75) (cid:86)(cid:78)(cid:81)(cid:74)(cid:82)(cid:83)(cid:64)(cid:83)(cid:72)(cid:78)(cid:77)(cid:13)
`
`Table 1: Reduction of error rates with UMls
`(cid:55)(cid:68)(cid:69)(cid:79)(cid:72)(cid:98)(cid:20)(cid:29) (cid:53)(cid:72)(cid:71)(cid:88)(cid:70)(cid:87)(cid:76)(cid:82)(cid:81) (cid:82)(cid:73) (cid:72)(cid:85)(cid:85)(cid:82)(cid:85) (cid:85)(cid:68)(cid:87)(cid:72)(cid:86) (cid:90)(cid:76)(cid:87)(cid:75) (cid:56)(cid:48)(cid:44)(cid:86)
`Mean Error Rate
`Sequencing
`Mean Error Rate
`(cid:48)(cid:72)(cid:68)(cid:81) (cid:40)(cid:85)(cid:85)(cid:82)(cid:85) (cid:53)(cid:68)(cid:87)(cid:72)
`(cid:48)(cid:72)(cid:68)(cid:81) (cid:40)(cid:85)(cid:85)(cid:82)(cid:85) (cid:53)(cid:68)(cid:87)(cid:72)
`(cid:54)(cid:72)(cid:84)(cid:88)(cid:72)(cid:81)(cid:70)(cid:76)(cid:81)(cid:74)
`(Collapsed Reads)
`Run
`
Accessing this document will incur an additional charge of $.
After purchase, you can access this document again without charge.
Accept $ Charge
Still Working On It
This document is taking longer than usual to download. This can happen if we need to contact the court directly to obtain the document and their servers are running slowly.
Give it another minute or two to complete, and then try the refresh button.
A few More Minutes ... Still Working
It can take up to 5 minutes for us to download a document if the court servers are running slowly.
Thank you for your continued patience.
This document could not be displayed.
We could not find this document within its docket. Please go back to the docket page and check the link. If that does not work, go back to the docket and refresh it to pull the newest information.
Your account does not support viewing this document.
You need a Paid Account to view this document. Click here to change your account type.
Your account does not support viewing this document.
Set your membership
status to view this document.
With a Docket Alarm membership, you'll
get a whole lot more, including:
- Up-to-date information for this case.
- Email alerts whenever there is an update.
- Full text search for other cases.
- Get email alerts whenever a new case matches your search.
One Moment Please
The filing “” is large (MB) and is being downloaded.
Please refresh this page in a few minutes to see if the filing has been downloaded. The filing will also be emailed to you when the download completes.
Your document is on its way!
If you do not receive the document in five minutes, contact support at support@docketalarm.com.
Sealed Document
We are unable to display this document, it may be under a court ordered seal.
If you have proper credentials to access the file, you may proceed directly to the court's system using your government issued username and password.
Access Government Site
